阶级压迫和宗教迫害双重利刃被加在岛原百姓头上，他们无路可走，被迫铤而走险。
修道士角藏、教徒三吉全家死引起了更大的愤怒，十月二十日，岛原有马村爆发一揆，林兵右卫门家中被愤怒的农民冲进，当场打死，上千名暴民攻占藩武器库，团团包围住了松仓氏的本城——岛原城。
十月二十七日，在天草时贞带领下，天草群岛也爆发土一揆，与岛原义军遥相呼应，大量信奉天主教的浪人和武士开始加入。
至此轰轰烈烈的岛原之乱拉开了帷幕。
天草群岛乃是肥前国唐津的谱代大名大久保氏的飞地，唐津藩的代官三宅重利领兵镇压暴乱，却于十一月十四日被天草一揆打败，身首异处。天草一揆进而包围了富冈城。
得知岛原叛乱，十二月十日，幕府急调两万重兵前往围剿，这时岛原两处义军已经合二为一，他们杀死原城城主小岛五兵卫，击毙了恶贯满盈的松仓家家老，退守原城。
义军便以原城为基地，在城头竖起了十字架和“万物为一体，尊卑无区别”的大旗。
原城本为废城，但城墙土垒尚属坚固，义军据城而守，成功打退幕府两次进攻，第三次攻城时，幕府将领板仓重昌身中流弹而死，幕府军大败。
虽然起义军取得了前期的胜利，但是前景不容乐观。
起义军全部是农民，而且其中有三分之二是妇女、小孩和老人，北九州地区是天主教传播的中心区域，战国后期有大量平民甚至武士都皈依了天主教，这些人在大殉教后都被迫潜伏了下来，趁着这次动乱再度抬头。
参加起义的岛原、天草农民共三万七千余人，其中有战斗力的只有一万三千余人，其状况与大明的流寇相仿。天草四郎自知独木难支，不但写信给长崎的荷兰人求援，还写信给罗马天主教廷梵蒂冈，请求支援。
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正当天草四郎积极备战，应对幕府更大规模进攻时。
一六三七年十二月二十日，天草四郎迎来了一位特殊的客人，也是他盼望已久的人。
“陈桑，天草对您可是翘首以盼呀，快快请坐。”天草四郎热情地招呼道。
“天草君，我给你介绍一下，这位是我的长官谷秀全先生，同时也是一位教友。”陈先生介绍的正是天策军军事调查局局长谷秀全。
说谷秀全是天主教徒，完全是瞎掰，他只不过是因为工作需要从汤若望那里学了点皮毛而已。
这位陈先生原名陈应宗，确实是一位天主教徒，他是在平户被军事调查局发展的外围成员，专门为了执行此项特殊任务而来的，所以精通日语。
经过半年多的特训，陈应宗于崇祯十一年七月至九月已经多次拜访过天草四郎，亲眼见证了天草四郎从名不见经传，到逐渐声名远播的过程。
陈应宗惊异于军事调查局的远见卓识，竟然将目光投向一个年仅十六岁的少年，而这位少年仅用了几个月的工夫就蹿升到义军的精神领袖。
天草四郎之所以如此热情地盼望陈应宗的到来，是因为陈应宗依照军事调查局的命令，已经向天草四郎提供了一百支三七式步枪和三门三七式火炮，及一部分弹药，这些武器弹药在对抗幕府军队的过程中，其发挥的作用有目共睹。
其实这些武器只是起到样品的作用，让义军熟悉使用，赠送这些武器的名义是教友的馈赠，但是这些武器价值不菲，如果后期还有需要那就必须购买了。
现在天草四郎经过几次战争，已经获得了不少金银，所以他早就盼望着陈应宗的到来。
天草四郎向谷秀全郑重地鞠躬道：“天草见过秀全君。”谷秀全比陈应宗还年轻，所以天草四郎称他为君。
“天草君不必客气，虽然我来自大明，但是大家同为教友更应该在困难的时候相互扶持。”谷秀全面带微笑道。
王越派谷秀全来，一方面是让他亲自主抓扶持日本义军的工作，另一个原因是恶搞，谁叫他的名字里有秀全二字呢？
听到扶持二字，天草四郎面带希翼地道：“这次贵方要向我们提供更多的武器吗？我们现在已经有三十多万两白银，但是需要大量的火枪和火炮。”
幕府军队无论是兵力还是战斗力都远在义军之上，天策军提供的武器让天草四郎看到了以少胜多的希望。
谷秀全点点头道：“这次我们带来了五千支火枪和十八门大炮，还有一万柄战刀和锋利的长矛，以及大量的盔甲和粮食，完全可以将你的军队迅速武装起来，打退幕府军队的进攻。”
“真是太好了！太感谢秀全君的帮助了！”天草四郎高兴的差点跳起来，这时他的表现才更像一个少年。
“但是本人有一些建议，希望天草君能够接纳。”谷秀全又道。
“哦？请秀全君尽管说。”天草四郎做洗耳恭听状道。
谷秀全缓缓道：“第一，尽快将现有的义军重新编组，有战斗力的组成正规军，老弱妇孺让他们做辅助和搞后勤。”
“第二点，义军要有明确的政治主张和口号，这样会有更多的贫苦百姓响应和加入义军，使义军实力不断增强。”
“本人建议用‘薄赋税、均贫富’，‘凡天下田，天下人同耕’，你们的起义就是要建立一个‘有田同耕，有饭同食，有衣同穿，有钱同使，无处不均匀，无处不保暖’的理想社会。有了这样的目标，义军就不会盲目的不知奋斗的方向，他们一定会为达到这个目标奋不顾身，战斗到底。”
说着谷秀全拿出两本书递给天草四郎道：“这两本书有详细说明，希望能对天草君有所帮助。”
天草四郎如获至宝，双手接过这两本书。他天资聪颖，当然听懂了谷秀全的话，有信仰和没有信仰的义军，战斗力肯定是不同的。