1915年12月袁世凯称帝后，虽然得到部下拥戴，但是国内一些反袁的声音也不容忽视。其中包括一些文化名人，如梁启超以为，我国现已共和了，依照他们其时所遵循的进化史观，前史只能前进不能回退，而前史的前进和准则的演进是相匹配的。正如康有为的新三统里边所说：君主专制，据浊世；君主立宪，泰平世；民主共和，即是和平世了。
这些反袁的势力中尤以各地的军队首领最有权势。尤其是那些非北洋系的武士，在袁世凯称帝前已经和他存在分歧和疑虑，人人自危，一向惧怕袁世凯为扩张军权，借机把他们铲除了。这些人物中最突出的就是南边的唐继尧、陆荣廷等人。这些矛盾在袁世凯未称帝前还并不明显，在局势不明之前，人人处于观察之中。而袁世凯一称帝，他的野心使所有掌握军权的各地首领坐立难安，为了能够先发制人，纷纷托言反复辟讨伐袁世凯。
曾被袁世凯猜忌的云南都督蔡锷，自民国二年卸任进京后，起初还对袁世凯抱有幻想，认为他“宏才伟略，群望所归”。但是，袁世凯与日本政府秘密签订的卖国的《二十一条》，令蔡锷痛心疾首，震惊不已，终于看清了袁世凯的真实面目，紧接着同年在袁世凯的授意下，北京出现了一个打着“筹一国之治安”旗号的“筹安会”，以及多个早有预谋的组织，公然为复辟帝制制造舆论。
袁世凯复辟帝制的活动，使蔡锷气愤已极，他决心以武力“为四万万人争人格”。于是他表面上装出不关心政治的样子，常去北京八大胡同，与名妓小凤仙厮混，以蒙蔽袁世凯，实则，在艺妓小风仙的掩护下，蔡锷潜回云南，率领旧部组织护国军，通电全国起义讨袁。
穆少凌和陆远等革命党人在日本一直在等待再次讨袁的时机，接到党内授意参与到国内的反袁势力中去。1915年11月，蔡锷秘密离京赴津，旋以治病为名东渡日本。穆少凌、陆远随同蔡锷一行经台湾、香港、越南，于12月19日抵达昆明。而昆明对反袁起义的筹划在这之前已相当成熟，在民主革命志士云集的云南军队中，从8月中旬“筹安会”成立时起，中下级军官就积极活动，酝酿发动讨袁起义。
1915年9月11日以后，以唐继尧为首的团以上军官，多次举行秘密会议，确立了护国讨袁的战略决策，并着手进行战争准备工作。蔡锷抵达昆明后，加速了云南反袁武装起义的爆发。1915年12月25日，云南通电宣布独立，众推唐继尧为云南军政府都督，组成护国军三个军，分别从四川，湘西和广西三个方向出师讨袁。蔡锷为第一军总司令，率4个梯团(旅)约8000人入川，拟对川边敌军突然袭击，出奇制胜，夺占叙州(今宜宾)、泸州诸要地，再北攻成都、东取重庆，尔后挥师东下，会师武汉。
1916年春，穆少凌与陆远随云南护国军在四川纳溪、泸州一带与袁世凯的军队正面较量，奋力厮杀。他被作为副队长编入蔡锷所率护国军第三支队队长朱德的队伍中协同作战。2月初，滇军第二师刘存厚和支队长董鸿勋率部发起了对泸州的进攻，激战数天，拿下了江边险峻的高地月亮岩。
接着北洋军第七师张敬尧部倾巢出动，赶到泸州，全力向纳溪发动进攻，把护国军团团保卫，危机之际，朱德帅第三支队从叙永星夜兼程感到了纳溪要塞棉花坡阻击北洋军。朱德支队一到棉花坡就迅速投入战斗。
1916年2月16日深夜，穆少凌在队长朱德的带领下，一行人，在雨雪交加之夜，冒着凛冽的寒风，赶赴泸州纳溪棉花坡。由于护国军在军饷方面并未得到有力的支援，正是粮饷紧缺的状态，在装备资金上远远处于略势。但是脚穿草鞋的部队硬是一路坚持，在恶略的天气下，不畏严寒，凭着坚强的毅力，翻山越岭而来。
冷冷的雨雪无情的拍打在穆少凌脸上，他用被冻得有麻木的冰冷手指，时不时轻轻地擦拭。夜色中，穆少凌的脸蒙上了一层薄雾般朦胧的霜色，冷硬的军服衬托下，是他英挺而矫健的身姿。他已经离开祖国许久，再次回到这片土地上，满怀昂扬斗志，势必要守护好辛亥革命后的胜利果实，将讨伐袁世凯进行到底。
睿智而深邃的眼神中充满了对这次战役终将获胜的坚定信心。他并未被寒冷的天气所吓倒，踏着泥泞崎岖的山道奋力前行。朱德率领的整支队伍纪律严明，默契的一路静默，整齐疾行。被雨雪冲刷的山间小道，积满了一个个大小不一，深浅不同的小水坑，战士们踏在上面，激起片片和着泥土的水花，发出规律而有节奏的哗哗声。
当他们到达棉花坡时，蔡锷将军也亲临现场指挥。穆少凌与陆远分别指挥各自的下属按照朱德的具体部署开始建立阵地，守护阵地，来阻隔北洋军的。穆少凌在对地图详细研究后，选好了适合防守的战壕区域，便立刻着手战壕的挖掘中来。时间紧迫，护国军全员上阵，整齐划一的行动，使战壕的挖掘异常顺利，很快层叠交互、弯弯曲曲的战壕就挖好了。
作为有进攻被迫转为防守的护国军而言，他们棉花坡战役最大的目的就是死守阵地，拖延北洋军的前进的脚步，阻碍援军的到来。面对兵力超过护国军数十倍的北洋军，穆少凌他们在朱德的带领下，并未退却，在战壕内，誓死坚守，多次击退北洋军的进攻。
“少凌！小心！”陆远看到离阵地不远处，再次冲锋的北洋军中有人正端着枪枪口瞄准正专注指挥士兵的穆少凌时，一边朝那名士兵射击，一边大声的提醒着少凌。
“快！子弹不多了，节省子弹，我们现在不要主动出击，先躲在战壕中，伺机而动。一会儿，我等北洋军靠近时，再发出号令，你们给我往死里打！记住！没有我命令，谁也不可放出一枪，浪费一粒子弹！”穆少凌警惕的望着对面缓缓上前，眼神中尽是多年沙场征战磨练出的果敢，冷冽。面对已经第四次进攻的北洋军，严厉地命令道。
“打！集中火力攻击中间部分。陆远，快派人到战壕两侧弄点动静，给我把北洋军吸引过去！”穆少凌屏息静气的猫在战壕中等了一会，寂静的等待着最好的战斗时机到来，当终于听到北洋军越来越近的脚步声，反应敏捷的从战壕中快速跃起，压低嗓门从容不迫的向周围几个军官命令道。
“好！抓住时机给我把他们打散！不要让他再合理回攻！”穆少凌望着已经被不同方向的枪声搅得心神不宁，失去目标的北洋军，自行分成了几股回击势力，但是因为分散作战并没有起初的攻击效果好。穆少凌料定他们一时半会无法全力汇合，趁机命令部下此时绝不能放过这个绝佳的击溃敌人的机会。
北洋军因为被打的分散，并未来得及组织重新排兵布阵，便被穆少凌他们压制住了火力，没一会，就倒下了一片。后面正要向前冲来的北洋军一看前方形势不妙，兄弟伤亡惨重，便吓破了胆，赶忙回撤调整战术，精明的并未直接硬冲上来，当炮灰。
而对于穆少凌他们而言，拖延是大忌，如果不能早日击溃这些北洋军，等他们后面的援军已到，自己就将陷入更加被动的局面，到了那时，不仅无法救出被围困的滇军第二师刘存厚和支队长董鸿勋所率部队，还会把自己也一同搭进去。这是他们无论如何也不允许出现的局面。正符合蔡锷将军所主张的“因时以制宜，审势以求当，未可稍有拘滞”的战争指导思想。
“少凌，朱队长已经传令过来，为了扭转战局，不在拖沓，针对有坚固设防的陶家瓦屋，特命挑选精干士兵组成八十人的“敢死队”，潜入陶家大瓦屋以东，与敌展开了白刃战，将陶家大瓦屋以东的敌军主力击溃，堵住了北洋军前进的路线。”陆运击退来攻北洋军后，一接到命令，就直奔少凌所在战壕。
“好！我去！其他人，凡是刺伤，近身格斗水平好的士兵自愿参加！记住，我不要胆小鬼，我要敢于面对面与北洋军厮杀的勇士！如果不是，就不要来送死。”穆少凌想到敢死队，要在弹药紧缺，人数极少的情况下完成任务，牺牲在所难免，尤其在战斗后期，弹尽粮绝的状况下，白刃战在所难免。甚至有可能作为敢死队的人，全军覆灭。这一定需要有极强的心理承受能力，异于常人的良好而稳定的心理素质，不然就是送死。