在张允文的印象之中，所谓的军事学院应该分成几个体系，培养单独的人才。就像当初的那群太学生进入军事学院之后成立的参谋系一样，专门培养参谋人才。所以，张允文在这份建议书中将军事学院进行了划分。
首先将整个学院进行分级，共分为三个学年。其中第一年为基础学习，学习的就是基本的军事训练和基本课程。待第一年学习完毕，学员便可以选择进入学院的系进行更专业，更深入的学习了。
学院的系一共分为五个大系和一大院。参谋系，主要针对那些能识文断字，文化水平较高的学员，主要是培养参谋。步兵系，主要教授步兵常用战法，步对步，步对骑，步对城等各种情况下的步兵战法。骑兵系，主要教授骑兵的各式战法。炮兵系，这是张允文新设的一个系，根据大唐热兵器的发展情况，摸索合理使用热兵器的战略战术。还有一个系叫做指挥系，若是说那三大军种系是为了培养中低级军官，那这个指挥系的目标便是培养高级将领。而剩下的研究院则是研究新式武器的最合理使用方法，步、骑、炮三大兵种的配合方法，新式战术等等一系列创新问题。
至于各个部门的负责人，那要等这份报告通过之后，自己和屈突通等学院官员联合商议决定。
花了两个晚上和一个白天，终于将这份建议书给写完了。
当他将这份建议书递交给李世民时，李世民细细的看了两遍，然后喜道：“贤婿此文，举纲张目，构架清晰，条理明确，下面的人只需要按照这份建议做下来即可，实在是事倍功半啦！”
张允文先是谦虚了一下，然后小心翼翼的问道：“陛下，那你说说这份建议书能否通过？”
李世民笑道：“当然能！朕思索一下，若是按照允文的建议施行，那军事学院建设将会走上走上正规化、专业化的道路，大唐未来的名将说不定将会尽数在此诞生！朕当然全力支持了！”
张允文松了一口气，又听李世民说道：“你拿着这份计划书，去给屈突老大人、李药师、李绩、你师父等人看一看！”张允文点点头，接过这计划书，向李世民行了一礼，转身离开。
在几名军事学院高层那里转了一圈回来，张允文的计划得到了他们的一致肯定。有了这些大佬们的保障，他开始着手对军事学院进行改制了。
学院从贞观元年开始建立，如今是贞观三年。其间，贞观二年的时候，学院又举行了一次招生，招得太学生数百名，还有各地愿意来当募兵的士卒三千四百人，经过选拔筛选，留下了两千八百多人。所以，如今整个学院的人数超过六千人。
先进入学院的那三千人作为二年级，开始了分系选择。分系采用的是个人志愿和学院统筹安排相结合的方式，先是让各个学员自主选择系，然后根据教员们对学员的意见，进行局部调节。比如有些学员不适合当骑兵，却从了大流，选择了骑兵系。最后的结果统计下来，让张允文不由有些郁闷了，几乎有一千人报了指挥系，一千人报了骑兵系，剩下的一千多人共报了生于的三系一院。
张允文见到这种情形，决定举行在指挥系和骑兵系举行一场考试，将那些盲目从大流的学员给剔除去。
而贞观二年招收的两千多人作为一年级，继续进行基础教育与训练。
于是张允文又花了两天的时间完成了两份试卷，一份是指挥系的，主要考察学员的全局能力和应变能力；另一份是骑兵系的，主要是对学员们的骑兵作战理论进行考察。凡报了指挥系、骑兵系的学员在贞观三年二月二十六这日集中考试。
然而在考试之前，张允文的府邸却来了大量的客人，而且个个身居高位。以段志玄、程咬金为代表的将近十人的武将齐齐造访张允文府邸，为的却是那考试之事。
在公开的学院改制计划中，指挥系将会以培养高级将领为目标，所以，这些将军们惟恐自己的儿子进不了指挥系，成为众人笑柄，所以在这考试前夕，一个个都到张允文这儿来，一口一个“老弟”的亲热的叫着，大讲当年和张允文并肩作战的事。然而张允文不由有些疑惑，难道自己真的和他们并肩作战过？好像自己在河南，他们在山东吧！
既然这些将军们都拉下脸皮来找自己了，张允文当然也不会严词拒绝，却是拿出一本厚厚的教材，当着将军们和他们儿子的面，将一个个考点挨着勾画出来，然后说道：“一二章是基础，必考；三四章是深化，必考；五六章是精华，必考！”
那程处默看着这厚厚的书籍，嘴中不由嘟哝道：“这不是没说么！章章都要考！”
“错！”张允文义正言辞的说道，“不是还有一章没有列入考试范围么？”
“……那是附录！”
在众位将军心满意足的神色和众位公子有些沮丧的脸色中，张允文不由暗笑道：“这些家伙三大五粗的，无论是段云松还是程家兄弟，更加适合冲锋陷阵，而不是运筹谋划！再说了，这些家伙自己平时不好好上课，临时抱佛脚，哪里那般容易！看看人家刘仁实，虽然也是一个令人头疼的家伙，可他的功课却是完成得非常之好，这一次也没有让他老爹刘弘基出来说情！”
二月二十六的考试准时进行，花了三天时间，动用了学院里的全部教员和几名老将，花了三天的时间将这两千多份试卷挨着看完了，最终结果是指挥系有二百三十多人合格，当然包括那几名考前来说情的的公子，听说他们在其父的高压之下，连续三日都没有出过书房的大门，而且其父天天抽问，一回答错误便是一阵暴打。所以在这样的高压之下，这些平时粗心大意、懒散异常的家伙拼了老命，终于磕磕绊绊的勉强过了。而骑兵系那边，有五百四十多人合格。
那些被剔除来的学员则是面临着新的选择。被指挥系剔除来来学员还可以在剩下的四系一院中选择。被骑兵其刷下来的学员也同样可以在四系一院中选择。不过要想再报指挥系和骑兵系的学员必须再经历一次考试。
张允文将这些事交给教员们去做，而他现在的要做的是对指挥系和炮兵系进行构架。至于其他的其他的系，有其他的教员负责。
先是指挥系。张允文对指挥系的要求非常之高，开设的课程也是非常多的，步战、骑战、炮战、后勤之类的都要学习，更重要的一门功课却是《政治与军事》，这本几乎照搬克劳塞维茨的《战争论》的书籍。
至于炮兵系，本来报的人数不足百人，可是张允文说要亲自担任炮兵系的主管，并且教授学员打炮时，报名人数猛增。到最后确定各系人数时，炮兵系共有四百二十八人加入。
经过这件事，张允文不由暗暗有些沾沾自喜，看来自己的魅力的还是挺大的嘛！
终于，在三月初的时候，这长达一个多月的军事学院改制终于完成了。学院开始按照这新的架构进行运作。