接下来张之洞将改革的目标放在了科举考试之上，此时有人提出废除科举考试，改动西方的制度，并提出一个期限，什么四年计划来。向张之洞提出建议的正是康有为，通过文廷式的关系，康有为再一次见到了张之洞，并将自己在日本所见所谓结合西方的文化制度，劝说张之洞万勿继续任由科举考试荼毒中国读书人了。
科举考试能得到什么人才？
除了死读书的人，就是四体不勤五谷不分的书生，天下之间有多少读书人就是被科举考试害得不成样子，反观西方国家，用学校教育取代科举考试，人才辈出，就连日本也大力推行文化教育，日本的几所大学为日本提供了大量的专业人才。
其实康有为提议废除科举考试的目的是好的，可他提出的四年计划就有一点急切了，张之洞将四年计划改为了六年计划。当张之洞将六年之后取缔科举考试的奏折交个光绪之后，光绪还没反对，曹跃却最先不干了。
曹跃绝不同意此时取缔科举考试，在中国延续了上千年的科举考试，六年时间就能够取代吗？曹跃立即要求劝说张之洞千万不要提出取缔科举考试，这条奏折如果被天下士子知道，不知有多少人会骂他。
张之洞经过慎重考虑之后，觉得曹跃说的有道理，洋为中用不假，但改革且不可如此急切。
当李鸿章得知取缔科举考试的奏折之后，冷笑着说：“张香涛除非是不想做官了，居然敢取缔科举，天下士子骂死他不可。”
不过因为曹跃的阻止，张之洞避免成为天下清流口诛笔伐的对象，却也因为曹跃的阻止，导致康有为等人对他极为憎恨。
曹跃的建议是，科举可以改革，但不能取缔，天下的读书人想要做官的理想，如果一旦被打破，读书人心中的怒火就会喷发出来，谁砰这个谁死。
张之洞觉得曹跃在科举改革之上的想法有点可笑，你又不是读书人，你有没有读过几天书，居然还想影响科举改革。倒是他手下幕僚梁鼎芬说：“曹中堂虽然书读的少，但是见识不小，且他若是一力阻止科举改革，大人的改革也完成不了。所以还是听一听曹中堂的建议，就算是错了，也有反驳的理由。”
张之洞一想也是，谁让曹跃归位军机首辅大臣呢，于是征求曹跃关于科举改革的意见。
曹跃提出了几条关于科举改革的意见，第一，科举原本考策论和八股，应该再增加两项，第一项是体育，一改过去文弱书生的形象，要求读书人有一个健康的体魄，而不是弱不经分的小白脸模样。第二项是杂学，读书人要上知天文地理下知格致农艺，以免被人认为读书人都是四体不勤五谷不分的废物。
张之洞略有一些意外，曹跃提出的这两点改革确实是出乎所有人的预料，如果按照这样的改革方式，恐怕未来考试更难以点取了吧。
曹跃对他说取士的方式，按照分数来取士，例如八股文的满分是150分，体育的考试是75分，杂学的考试是75分，这样总分300分，按照分数来取士，发榜的时候按照分数发榜，公平公正，免得每一次科举考试都有人非议说谁谁谁买通了考官云云。
张之洞与礼部官员商议之后，又开始广泛征集士绅们的意见，对于科举考试来说，改革总比取缔要强得多，如果苦学二十年的科举考试取缔，那么将有多少士子不甘心。与慈禧主持的一刀切取缔科举相比，对科举的改革显然更能让人接受一些，然而此举还是获得了不少批评。
支持新政者认为此举太过于因循守旧，远远达不到西方化现代化，改革不彻底，反对者认为此举破坏了中华上千年的考试传统，不遵从祖宗家法，势必会导致国家动荡。
御史们也不甘寂寞，纷纷上表建议，朝廷里关于科举形成三大大派，一派是支持科举改革，另一派是支持完全取缔科举改革，第三派则是反对科举改革。但随着讨论的越来越深入，反对科举改革者渐渐减少，毕竟从东西方对比来看，科举制度产生的人才弊端逐渐显露，许多有识之士都意识到东方教育对于科学的轻视给国家带来的落后。这不是哪一个朝代的责任，而是科举制度的确是一种落后于世界的选拔贤才方式。重视文科且专注于八股考试，让许多才子成为了考试工具，长久以来对科学的轻视使得科学研究者被人们广泛斥为异端和不务正业。发展上千年之后，唐宋元明清五朝的科学家们反倒不如春秋战国时期受到重视，所以科举在某些方面也扼杀了中国科技的进步。
关于科举考试，在全国上下形成了一番大讨论，各个地方也在进行大讨论，其中争辩最激烈的地方省份便是湖南与湖北，这两省在清末开始人才辈出，远超传统士子辈出省份浙江与江西，且湖南湖北士子依托着各个派系逐渐成为影响朝廷的新势力。
朝廷之中关于科举改革的大讨论给曹跃带来的好处就是国人的注意力已经从余粮征集令转移到科举改革上，前一段时间关于余粮征集令带来的压力也减轻了许多。
而康有为等人继续上蹿下跳，时不时地发表一下自己的意见，大量从国外回来的人也参与讨论之中，康有为在京师组建了“新文研讨会”，用于讨论科举的利弊与存在与否，许多名人纷纷前来参加。当然其中最有名的要数曹跃的第一幕僚鸿鸾先生王宇，但王宇也只是参加过一次，且一言不发并不表态。
但很多人对王宇能够参与这种聚会做出猜想，认为这代表着曹跃的一种态度，曹跃是支持取缔科举考试的。但随即有人暗中将科举改革的前后说出来，众人才得知原来是曹跃横插一脚，才使得取缔科举变为了科举改革。
武将主持科举改革，滑天下之大稽，于是更加热烈的讨论在全国上下讨论开来……