公元1401年五月，吴杰、平安、盛庸分兵切断燕军粮饷道路。
朱棣派指挥武胜上书朱允炆，追问缘由，为什么说好了赦免他无罪，还要断他粮食？
朱允炆大怒，将武胜下狱中。
朱棣立即派李远袭沛县，焚烧官军粮舟数以万计，算是报了断粮之仇。
七月二日，朱棣夺取彰德。
平安见朱棣大军离开北平，当下乘虚直捣北平。
朱棣收到消息，立即派刘江迎战。
平安偷袭失败，兵败而逃。
房昭屯兵易州西水寨，攻保定，又被朱棣军包围。
十月二日，都指挥花英增援房昭，被燕军败于峨眉山下，斩杀数万人，房昭弃寨逃走。
二十四日，燕军退还北平。
十一月二十一日，朱棣亲自作文祭祀南北阵亡将士。
这时，燕王举兵已三年。
他亲历战阵，冒矢石风雨，身先士卒，常乘胜追击，但也多次处于危险之中。所攻克城邑，兵一走又被朝廷官军占领，仅据有北平、保定、永平三府而已。
朱允炆见到三年都消灭不了朱棣，便把朝中许多官员罢免。而这些官员，纷纷投奔朱棣，尽言京师空虚可取。
朱棣听了，感慨地说：“年年用兵，何时结束？要么临江决一死战，不再返顾北面。”当下在十二月十二日，再次出师。
建文四年三月九日，平安以四万骑兵追随燕王军，朱棣设埋伏于淝河，大败平安军。
二十三日，朱棣派谭清断绝徐州粮道，还至大店时，被铁铉军包围。
朱棣立即引兵来援，谭清突围而出，合击打败铁铉。
四月十四日，朱棣宿营小河，凭小桥而守，平安前来与之争桥，陈文战死。
平安军在桥南，燕军在桥北，相持数天。
平安转战，与燕王军遇于北坂，朱棣差点被平安长矛刺中。
番骑王骐跃入杀阵，拉住朱棣胳膊慌忙逃去。
朱棣说：“南军饥饿，每隔一二天粮草才送到，突然袭击很容易攻破。”当下命千余人守桥，半夜渡到小河以南，绕到平安军后。
一直到了天明时，平安军才发觉，徐辉祖也赶来。
二十二日，平安军和燕军大战齐眉山下。
这时，燕军连失大将，且淮土在盛暑蒸热难忍，诸将请求休军小河东边，就麦地观察敌军行动。
朱棣说：“现在敌人长时间饥饿疲劳，断其饷道，可使敌军坐以待毙，不能北渡小河以懈将士士气。”下令想渡河的往左，诸将士争着往左。
朱棣气怒大吼说：“任你们去吧。”
将士都不敢说话。
二十二日，徐辉祖等在齐眉山打败燕军，斩其将李斌。
燕兵害怕，图谋北归。
这时，建文帝听信讹言，说燕兵已经投降，当下召徐辉祖回京，使得何福陷入孤立无援。
二十八日，诸将与燕兵大战于灵壁，诸将全军溃败，陈晖、平安、礼部侍郎陈性善、大理寺卿彭与明均被擒获。
五月一日，杨文率辽东兵赶赴济南，在直沽被击溃。
七日，盛庸军在淮河上被击溃，燕兵渡过淮河，直趋扬州。
指挥王礼等叛降燕军，御使王彬、指挥崇刚则战死。
十九日，燕兵到六合，诸军迎战，失败。
二十日，朱允炆下诏，让天下兵马，救援京师，并派遣御使大夫练子宁、侍郎黄观、修撰王叔英分道征兵。同时，召齐泰、黄子澄还京。
苏州知府姚善、宁波知府王王进、徽州知府陈彦回、乐平知县张彦方，各起兵入卫。
二十二日，遣庆成郡主到燕军中去，讨论割地罢兵之事。
五月七日，下泗州，拜谒祖陵，赐父老乡亲牛酒。
九日，盛庸扼守淮河南岸，朱能、丘福潜过淮河袭击，赶走盛庸，于是攻克盱眙。
十一日，朱棣召集诸位将士，讨论行动去向，有的说宜取凤阳，有的说先取淮安。
朱棣说：“凤阳楼橹完好，淮安积粟较多，不容易攻下。不如乘胜直趋扬州，指向仪真，使淮安、凤阳自受震慑。我耀兵长江上，京师感到孤立无援，必定会发生内变。”
诸将士都说此法妙。
十七日，兵巡扬州，驻军长江以北。
朱允炆派庆成郡主到军中，许诺割地求和，朱棣不听。
六月初一日，盛庸率舟师败燕军于浦子口，再战不利。
都督佥事陈王宣以舟师叛附燕王。
三日，燕兵渡过长江，与盛庸战于高资港，官军溃败。
六日，镇江守将童俊叛降燕王。
八日，燕军到龙潭。
九日，朱允炆命诸王分守都城，派李景隆及兵部尚书茹王常、都督王佐到燕军中去，重申割地罢兵之约。
十日，朱允炆又派谷王朱木惠，安王朱楹前往。
朱棣均不理睬！
他很清楚，如果此时和朱允炆议和的话，他将失去自己胜利翻盘的千载时机！
十三日，朱允炆遣使者送蜡书四出，催促勤王兵。
十四日，燕兵侵犯金川门，左都督徐增寿图谋内应，被诛灭。
然后，朱允炆杀什么人都没用了，因为，燕军压城，优势完全在朱棣那一边了！
形势发生转变，叛徒很快就会出现！
不是说这些叛徒掌握了形势，而是，形势就在眼前，瞎子都看出来！
谷王朱木惠及李景隆，这俩个朱允炆超级信任的人，是最早背叛朱允炆的！
他们打开城门，接纳燕兵入城。
这样一来，都城陷落了！
朱允炆彻底失去了翻盘的机会！
此时，宫中大火，朱允炆不知所终。
朱棣带兵进入京城，第一件事，就是去抓捕朱允炆！
他遣中使在火中到处寻找，在火中找出帝后尸体，却没有见到朱允炆的尸体。
至此，朱允炆的朝廷落幕，大明迎来了朱棣的统治！
朱允炆的失败，在于他一开始就用错人。他用人，只用自己信任的人，而没去用有能力的人，这就导致李景隆的失败，五十万大军，就这么葬送了，让朱棣得以起势。
而朱棣，虽然只有五六万人马，可是，他善于谋略，勇于战斗，在弱势的时候，能够保住自己，然后寻找机会，灭了李景隆的大军；他无论在人性上，还是形势上，甚至，在优秀人格上，都远远超出了朱允炆。
所以，朱允炆的失败，真的不冤！他和朱棣，真的不是同一等级的对手，如何能够成功啊！