朱元璋大封功臣，对臣下说：“李善长虽无汗马功劳，但跟随我多年，供给军粮，功劳很大，应当晋封大国。”
于是，他授李善长为开国辅运推诚守正文臣、特进光禄大夫、左柱国、太师、中书左丞相，封为韩国公，年禄四千石，子孙世袭，并授予铁券，免李善长二死，其子免一死。
这时，被封公者，有徐达、常遇春之子常茂、李文忠、冯胜、邓愈及李善长六人，李善长位列第一，诏书中将他比作萧何，对他褒奖备至。
李善长拿到了不死铁券，他以为，自己的地位和性命都稳了。
他虽然能掐善算，但是，他始终没有把握住朱元璋的人性。最后，还是栽在了政治旋涡当中。
李善长的成功，在于他的见识，不过，随着他地位的提高，让他开始迷失了自我，那就是，他已经热衷于权力了。
他外表看起来宽厚温和，但出于对权力的贪婪，内心开始嫉妒能威胁到他地位的人。
参议李饮冰、杨希圣，他们不是李善长一伙的，侵犯到他的权限。
李善长马上将其罪上奏皇上，黜免了他们两人。
另外，李善长对威胁他地位的中丞刘基，也就是刘伯温，充满了嫉妒。在与刘伯温争论法令时，竟然辱骂刘伯温！
刘基就此心中不安，便告假回家。
李善长的这些做法，使得朱元璋开始有点讨厌他了。
李善长对于形势的变化和人性的变化，是个没掌握住的人。
此时的形势，早已经不是元末的形势了；而此时的朱元璋，也不是以前的朱元璋了！
此时的形势是，中央集权，不需要有权力的臣子；此时的朱元璋，不再是包容臣子的朱元璋，而是热衷权力的朱元璋！
在这样的形势下，放弃权力，远离政治旋涡，那是最正确的选择。
可惜的是，李善长不明白这些道理。
不过，李善长虽然贪恋权力，但也知道朱元璋不是自己能惹的，所以，他也看出了朱元璋对自己的讨厌，所以，他在洪武四年，借病辞官归居。
朱元璋很高兴，赐临濠地若干顷，设置守坟户一百五十家，同时赐给佃户一千五百家，仪仗士二十家。
一年后，李善长病愈，朱元璋便命他负责修建临濠宫殿，将江南富民十四万迁徙濠州耕种，让李善长管理他们，留在濠州数年。
洪武七年，朱元璋提升李善长之弟李存义为太仆丞，李存义之子李伸、李佑都为群牧所官。
这一事，让李善长觉得朱元璋还是重用自己人的。
洪武九年，朱元璋以临安公主下嫁其子李祺，授为驸马都尉。
初定婚礼，公主严修妇道。
李家受宠显赫，一时为人羡慕。
李祺与公主结婚一个月后，御史大夫汪广洋、陈宁上疏说：“李善长恃宠自纵，陛下因病几乎十日不能上朝，他不来问候。驸马都尉李祺也六日不来朝见，召他至殿前，又不认罪，这是对陛下极大的不敬。”
李善长因此获罪，被削年禄一千八百石。
这一事，可见朱元璋是警示着李善长。
不久，朱元璋又命李善长与曹国公李文忠一起统领中书省、大都督府、御史台，同议军国大事，监督圆丘之工。
李善长也知道朱元璋对他的猜忌了，他在朱元璋那里已经失势了，所以，他想要稳住势力，只有结交有权力的人。
这个人，就是丞相胡惟庸。
胡惟庸在任宁国知县的时候，是因为李善长的推荐，才被提升为太常少卿，最后任丞相。
李善长的弟弟李存义之子李佑，娶的妻子，正是胡惟庸的侄女。
洪武十三年，胡惟庸因谋反被诛，被牵连处死者甚多，李善长却没事。
御史台缺中丞，朱元璋便命李善长暂理御史台事务。
洪武十八年，有人告发李存义父子实为胡惟庸的党羽，朱元璋下诏免死，将他们安置在崇明。
这时的朱元璋，对李善长家族尚未起杀意。
李善长对朱元璋的这个做法，没有表示感谢。
朱元璋见李善长这么作大，对他怀恨在心。
又过了五年，李善长已经七十七岁，他因年老约束不了部下。
他想建造府宅，当下从信国公汤和那里借卫士三百人，汤和悄悄告诉他一些听到的事。
四月，京城有百姓受牵累迁徙边疆，李善长屡次请求赦免其亲戚丁斌等。
朱元璋大怒，将丁斌治罪。
丁斌以前是胡惟庸家的给事，他供出李存义等过去与胡惟庸互相交往的情形。
朱元璋于是下令，将李存义父子逮捕审讯，他们的供词牵连到李善长，供词上说：“胡惟庸企图谋反，派李存义暗地里劝说李善长。李善长惊叱道‘你这么说到底为了什么？你们一定要慎重，否则九族都要被灭。’不久，又派李善长的老友杨文裕去劝他说‘事成之后，当以淮西之地封你为王。’李善长惊骇不已，仍不同意，却又颇为心动。胡惟庸于是亲自去劝说李善长，仍然不同意。过了一段时间后，胡惟庸又派李存义去劝说，李善长叹道‘我已经老了。我死后，你们好自为之。’”
有人又告发李善长说：“将军蓝玉率军出塞，到捕鱼儿海时，俘获胡惟庸私通沙漠使者封绩，李善长却匿而不报。”
于是，御史竞相上奏弹劾李善长。
而李善长的奴仆卢仲谦等，也告发李善长与胡惟庸之间互相贿赠，经常偷偷私语。
至此，证据确凿，李善长就算没参与谋反，但也知道胡惟庸谋反一事。
李善长是元勋国戚，知道有叛逆阴谋却不揭发检举，而是徘徊观望，真是心怀两端，大逆不道！
这时，正好有人说将要发生星变，会有灾祸发生，占卜的结果是灾祸应当降临在大臣身上。
朱元璋听了，当下借机把李善长一家，连同其妻女弟侄等全家七十余人，一并处死。
吉安侯陆仲亨、延安侯唐胜宗、平凉侯费聚、南雄侯赵庸、荥阳侯郑遇春、宜春侯黄彬、河南侯陆聚等人，都同时受胡惟庸牵连而死。不久，被牵连的还有已故的营阳侯杨王景、济宁侯顾时等若干人。
朱元璋亲自下诏罗列他们的罪状，加在狱辞里面，纂成《昭示奸党三录》，布告天下。
李善长之子李祺与公主被迁徙至江浦，过了一段时间后死去。
李善长，号称能掐善算，无所不知，最终还是死在了政治旋涡当中。
李善长死后第二年，虞部郎中王国用上奏说道：“李善长与陛下同心，出生入死打天下，勋臣位列第一，生前封公，死后封王，儿娶公主，亲戚拜官，他作为人臣，名份已经到了极点。即使他想自图不轨，尚且未曾可知，而今说他想帮助胡惟庸谋反，则是极为荒谬，大错特错了。人们疼爱自己的亲生儿子，一定胜于兄弟之子，已经安享万全之富贵的人，一定不会去想侥幸获得万一之富贵，这是人之常情。李善长与胡惟庸，仍然只是儿女亲戚，而对于陛下则像对子女一样的亲近。假使李善长帮助胡惟庸谋反成功，也不过是位列勋臣第一而已，太师、国公、封王而已，娶公主、纳王妃而已，难道还会胜于今日吗？而且李善长难道不明白天下是不能侥幸取得的吗？元朝末年，欲取天下者无限，却都莫不为此粉身碎骨，覆宗绝祀，能保全自己脑袋的有几个人呢？李善长自己也亲眼所见，为什么还要在衰倦之年去重蹈覆辙呢？凡是去这么做的必然有深仇大恨促使着他，在大势已去的情况下，父子之间可能会相互扶持以求逃脱灾祸。而现在李善长之子李祺与陛下有骨肉之亲，没有丝毫芥蒂，他何苦突然这么去做呢？如果说天象告变，大臣受灾，杀了他以应天象，则陛下更加不能这样做。臣惟恐天下百姓听说之后，会说像李善长这样的有功之臣尚且得到了如此下场，国家也会因此而分崩瓦解啊。现在李善长已死，再说无益，但愿陛下将此作为将来的教训。”
朱元璋收到此信后，竟也没有加罪王国用，可见，王国用的话，是得到了朱元璋的认可的，也就是说，李善长实际上并没有参与谋反，他的罪不至于被灭族。
可惜的是，朱元璋已经不是当初那个朱元璋了！凡是有可能威胁到他的人，或者是他家族统治的人，统统都得消灭！
这才是李善长被灭族的真正原因。