同时不少印刷作坊也趁势升级，也购买了蒸气机，引入到印刷生产中，成为正式的印刷工厂。而这时，民间私人办报，至少在技术条件上，已经俱备了。
不过虽然民间己经接受了报纸这件新生事务，但毕竟涉及到政府机构，一般的大印刷工厂不敢轻易接手，而小厂小作坊虽然有敢接手的，但生产规模却跟不上，因此有些议员受人之托，在参政院里发出了开放民间私人办报纸的提案。而这一提案在参政院里也得到了通过。
从商毅的心里来说，当然是对民间私人办报持支持的态度，因为他本来就来自于一个言论十分自由的时代，也习惯看到多家新闻媒体互相报导，甚致是各执一词，大打嘴仗。
而且一份报纸的作用终究有限，《中华时报》的主要职能是政府的口舌，报导的都是国家重大事件和政府的动态，但在反映社会，关心底层方面的作用有限，另外《中华时报》毕竟是一份反应主旋律的报纸，在舆论监督，反应民生方面，更是远远不足，商毅都己经在考虑，再办一份走大众路线的报纸。因此在这个时候，如果出现几份民间私人的报纸，也算对《中华时报》的一种补充，而且也开拓了民间的言论自由。早在商毅公开出售油墨的时侯，就巳经有了这个准备了。
但让商毅没有想到的是，几位内阁成员对民间私人办报的热情并没有商毅，李岩就向商毅进言，如果开放允许民间私人办报，恐怕会对朝廷多有诽谤非议之言，蛊惑人心之举，如果被别有用心者利用，结果恐怕十分严重，因此还请商毅三思。
而王夫之、堵胤锡和李格非也基本都赞同李岩的态度，劝商毅对这件事情要慎重考虑。
这个结果到是有些出乎于商毅的意料，按说最该反对的人应该是自已才对，但仔细想了想，商毅才明白过来，这就是话语权的问题，因为现在南京政府的官员们都见到了报纸的作用和巨大的舆论引导力，而终明一朝，真正最让内阁大臣们头疼的，其实并不是太监，也不是锦衣卫，因为大多数时间里，太监、锦衣卫都是皇帝制衡朝中势力主要是内阁的手段，但决不会让这三方火并起来，因此在互相之间都有一个默认的平衡局面。
内阁大臣真正头疼的，是御史，也就是所谓的清流，这批人的官职虽然不高，权力也不大，唯一权力就是可以弹亥百官，言不治罪，也就无限的骂人开火权。因此在大多数时间里，这批人就像疯狗一样，逢人就咬，什么事情，不管好坏，都要大骂一通，如果逮着了一点错，那就更是不得了，可以上纲上线，大帽子乱扣。而且骂人之后，还是一付大义凛然的样子，大有骂了你又怎么样。
虽然说言官也确实斗倒过一些贪臣奸臣，但破坏力也不容小视，许多本来是正直的大臣，因为一些小过失，也被言官给整息了火，而且许多正确的事情，正确的政策，结果也都被这批所谓的清流给搅黄了，明朝后期，还有南明弘光朝廷的东林党，就是这方面的典型代表。在一种史学评价就认为，明实亡于清流或东林。
因此几位内阁大臣都担心，毕竟这和参政院不一样，参政院现在有会议规范制度约束着，也闹不起多大事情来，就算是正式建国，参政院升级成国会，也是只管立法决议，内阁管行政，各顾各的，谁也干涉不了谁。而一但允许民间公开办报，就等于是给了清流一个话语权，那么他们就有机会引导舆论，对政府的政策、决议横加指责，坚以议论，再不就是口诛笔伐，骂人还不带一个脏字。而商毅是皇帝，当然可以不在乎，而内阁往往就是首当其冲。当然谁都不希望给自已扶植一帮敌对势力出来。
如果这几位内阁成员现在都还是平头百姓，说不定也会加入到清流一党中去，对民间私人报绝对会举双手支持，但现在都是内阁成员，所考虑的问题，所处的立场当然也就不一样了。
想到这里，商毅也不禁苦笑了一声，说白了就是一句话，屁股决定头脑。不过这也是因为几个人被明朝的清流们给弄怕了，同时对报纸的功能也不了解。
其实在另一时空里，报纸用来批评政府，批评国家政策，甚致指责某些官员，都在正常也不过了，而且从积极意义上说，这样的做法也确实起到了相当的舆论监督作用。当然也不派除某些报纸被一些政治势力利用来当枪使，纯粹是恶意攻击，为反对而反对，甚致宣扬一些极端、错误的言论。但报纸并不是一家独有啊，所有的政治势力都有自已的主打报纸，或者说所有的报纸也都有自己的政治立场，有向灯的就有向火的，大不了大家就打嘴仗呗。反正谁也说不了谁，闹腾一阵之后，就会消停下来，转入到下一个热点话题去。除非是一个极端腐蚀、落后的政府，能够让所有报纸都众口一词，发出对政府不满的声音来。
而且一份报纸的生命力在于其报导内容的真实、详细和及时，以及评论的中肯和见地，真正让看报的人了解事情的真像，和隐藏的内幕，开口骂人，乱点大炮，故作惊人之言，制造噱头，在短时间还可以吸引眼球，但不能长久，如果没有真正的底蕴，一份报纸也就没有存在的价值了。
另外，尽管说是言论自由，但自由也不是无限的，可以想说什么就说什么，至少不能宣扬暴力反动、弄虚造假、恶意骂人什么的，因此还是有不少规则制度限制。
听了商毅的解释之后，几位内阁大臣也都明白过来，说简单一点，就是清流可以办清流的报纸，政府可以办政府的报纸，大家就通也报纸来争吵，当然好过在朝堂上争吵，而在这方面，政府显然要比私人有优势得多，想想看《中华时报》的发行量已经达到了十万份，而民间的私人报纸想达到这个数字，还需要很大的努力，而且在信息及时、内幕消息详细等方面，政府的报纸也要比私人报纸有优势。
其实几位内阁大臣也都清楚，如果报纸也像参政院一样，在一套真正有效的制度规范的约束下，确实还是能够发挥很大的作用，用舆论监督政府的行政管理，官员的行为规范，反应民间生活，让政府了解基层情况，民心民意，确实都要比过去好得多。同时也对商毅充满了信心，认为他一定能够制定出一个真正有效的制度规范来。
第五卷 飞天篇 第一六七章 言论自由（下）
这么一个大包袱甩给自己，商毅也不由得苦笑起来，谁让自己没事好好的，偏要搞什么言论自由，这不是自己找事吗？
不过商毅当然清楚，放宽言论，自由言论，绝对是历史发展的大趋势，在另一时空里的绝大多数国家，新闻自由、言论自由和出版自由权利，而这三大自由权利，都是公民所享有的天赋人权。而且在刚刚发生的英国革命中颁布的《权力法案》，和稍后几十年进行的法国革命发布的《人权宣言》，也提出过类似的语言。当然是不是能够完全做得到是一回事，但至少己经以法案的形式提出来了。
其实在中国历史上，除了清廷的统制其间，在大多数时候，对于言论管制得并不很严，民间议论政治，议论朝廷大事，甚致是指责皇帝，也都是常有的事情，在一般的情况下，朝廷都不会太计效。但这并不等于朝廷真的会放任不理，一但想给某人定罪，那么以前的言论也都可以被翻出来，成为罪证，其实文字狱历代都有，只不过清廷的动静最大，范围也最广而已。
因此正式以法律的形式，来保护新闻自由、言论自由和出版自由这三大自由权利，也确实有必要。
虽然在商毅来到这个时空之前，中国还没有专门的《新闻法》或《出版法》但在法律体系中，有关新闻出版活动的法律规范也已十分丰富。并有人专门采录出来，编写了一本《中国新闻法纲要》。这本书在商毅的电脑里就有，基本可以拿来当参考用。
说起来商毅的笔记本电脑跟着他一起来到这个时代，已经有八年的时间了，其他的电子设备大多数都坏了，但这部电脑却一直没有出过大毛病，也不得不说，算是一个奇迹。
不过商毅也知道，这部电脑的许多零件也差不多到了正常的使用寿命，别的不说，就是给电脑提供电源的太阳能电池，在刚到这个时代的时候，电池充满电之后，可以连续使用十二个小时以上，而到了现在连两个小时也撑不过去了。虽然商毅将一部份有用的资料都抄录下来，但不可能把电脑里储存的《大百科全书》都抄录下来，有许多资料只能随要随查。
在看完了《中国新闻法纲要》之后，商毅也不禁有些伤感起来，因为这个对商毅来说，这个最有用的东西，随时都有可能彻底息火。通过这部电脑，商毅偶尔还能看到另一时空二十一世纪的景像，和自已在那个时空的亲人、战友，这个时候商毅才有一种自己是一个穿越者的觉悟，而一但电脑坏了，不仅是失去了一个大资料宝库，而且自己和另一个时空，也就基本没有什么联系。
叹息了一阵之后，商毅才又开始了工作，想编写出一套《新闻法》也不是能在短时间内完成，最关建的是，现在还没有《宪法》因此其他的法规也都无从制定，只能向会议制度规范一样，先弄出一个大概的《新闻出版制度管理规范》。因此商毅又奋战了几夜，终于列出了几行规范：
一、在南京政府的统制区内，每一个人都拥有新闻自由、言论自由和出版自由三大自由权利。
二、新闻出版必须维护国家安全、统一，社会正常秩序，保守国家秘密的规定，不得发表煽动言论，散布谣言、宣扬暴力，并不得于现行的法律法规相违备。
三、新闻出版的重要政务新闻，与政府官员有关的作品，汛情、疫情、震情等内容，必须由有关政府部门统一发布的信息和材料，不得私自猜测揣摩，发布不守内容。
四、新闻出版必须保证真实、公平、公证，不得侵害他人人身名誉，不得侮辱、诽谤、谩骂他人。
五、新闻出版的内容必须经过作者同意，不得未经允许，私自登载，出版发行，修改、引用他人的作品，不得拖欠作者的润笔费用。
六、新闻出版如有违返上述几条的行为，将根据情节严重程度，给予判刑、关闭取缔、罚款、勒令公开道歉等处罚。
列完这几条规范之后，商毅也觉得比较满，认为在目前阶段，也够用了，等新朝建立之后，再根据《宪法》的准则，制定专门的《新闻出版法规》。另外商毅也想到，一部《宪法》没有十年八年的功夫，是不可能制定出来质，是不是应该先搞一个《临时约法》或《权力法案》之类的东西，先用起来。这两套文件电脑里都有，趁着现在还能用，趁早都抄下来，以备不测。不过现在还是先把《新闻出版制度管理规范》弄好。
随后商毅先将拟定好的这几条规范拿给叶瑶瑱看，让她给点意见。
叶瑶瑱当然也知道允许民间办报纸的事情，因此在看完之后，笑了一笑，道：“这六条规范列得到是不错，而且把各种情况也都包括进去了，到是可以对报纸、出版进行有效管理，单从文字面上来看，毎一条也都说得过去，但俱体的执行操起来，恐怕就不容易了，比如说在第二条里‘不得发表煽动言论，散布谣言、宣扬暴力’这些都以什么算标准呢？”
商毅点了点头，叶瑶瑱果然是一语中的，执行的标准，确实是一个极大的问题，虽然说自己拟定的只是规范，但甴于第六条里有处罚的决定，实际己经俱有法律的效果，不过又没司法解释说明，这确实是一个很大的漏洞，如在清朝统制的时期，一句“清风不识字，何故乱翻书”就可以被理解成诽谤、讥讽朝廷。那还能怎么办，只能自认倒晦，躺着也中枪。
当然将规范细化，甚致是作出司法解释，只用花一点时间，都是可以完成的，但规范订得再详细，解释得再清楚也没有用，在执行的时候，还是有很大的操作空间，只能说中国的文字里包含的内容实在太丰富了。因此许多正常的言论，都可以套用成违规，弄不好不但不能保障言论、新闻、出版自由，还会引发成文字狱。商毅想了想，一时也没有太好的解决办法，自己的判断当然是可以做为标准，但总不能什么书都先拿来给自己看，等自己点头说“可以”然后才能出版发行吧。
这时叶瑶瑱又笑道：“其实办法还是有的。”
商毅道：“哦？有什么办法？”
叶瑶瑱道：“专门成立一个审核部门，来审理新闻出版的东西，什么算可以，什么算违规，在一开始的时候，就是违规了，也处罚的轻一些，等时间长了，大家也都知道尺度和标准了，也就可以正式实行了。”
商毅点了点头，这种审核部门在另一时空里也有，但人选很难找，因为这需要对自已的标准理解很透，知道那些行，那些不行，其实按商毅真正的标准，是相当宽松的，以这个时代的言语，几乎都不算什么，不过商毅也知道，放宽限制是一步一步的，不能一下子就敞到和后世一样，适当的限制，绝对有必要，甴其是现在，还是战争时期，更不能一下放开了。
就在这时，商毅忽然笑道：“很对，我看这个部门就由你来主管吧！”
叶瑶瑱怔了一怔，道：“我来主管？”
商毅笑了一笑，道：“对，只有你来主管，我才能放心。”
因为商毅也想得很清楚，在这个时代，只有叶瑶瑱是最能理解自己的思想，因此她的标准和自己的标准也最接近，而且以前叶瑶瑱一直代替自己主持政务，她的能力和态度已经得到了南京政府官员们的认同，由她来主管审核部门，当然是在合适不过了。现在商毅的重心放在处理政务上，叶瑶瑱的工作也轻松了很多，也有足够的时间来眊任这方面的工作。
就这样到了第二天，商毅和叶瑶瑱一起招集内阁大臣，首先将自己拟定的《新闻出版制度管理规范》给他们过目。
众人看完之后，也都认为这个规范相当的完善了，水平不在那个会议制度管理之下，如果按照《新闻出版制度管理规范》来管理民间的私人报纸，可以达到参政院一样的效果，不用怕有人利用报纸，胡说八道了。不过有了先前的底子，几位内阁大臣也没有显得太惊讶，只是都露出“这一次果然又没有让我们失望”的神态来。因此众人都一致认为，这个《新闻出版制度管理规范》，完全可以实行。
商毅见众人都没有意见，首先让内阁对这部《新闻出版制度管理规范》进行细化，和解释说明，同时又宣布成立审核部门，由叶瑶瑱付责。
对这一点，几位内阁大臣也都没有异议，他们对叶瑶瑱的能力已经认可，而且也明白，规范的执行，确实要有一个标准，而这个标准当然是由商毅来制定，因此由叶瑶瑱来把关，也确实是最合适的人选。另外这并不是什么重要的位置，和后宫不干涉朝政的原则并不违背。
第五卷 飞天篇 第一六八章 南京新生活
十天之后，南京政府先后发布了三个公告，一个是《新闻出版制度管理规范》，另二个是【南京政府初中高等教育大纲】和【科举考试制度规范】。其中前二个是立刻施行，后一个是在统一全国之后，开始施行。
前两个到是没有引起什么引起什么，《新闻出版制度管理规范》的出台，实际就意味着民间私人可以创办报纸，虽然说对报纸内容做了相应的限制，但这一点也无可厚菲，任何朝廷都会对出版物进行管制，而且这六条规范从字面上来说，也都说得过去，谁都挑不出什么毛病来。
而【教育大纲】则更简单了，因为现在的教育体纟己经早就在长江六省开始实施，在浙江、山东等地都己经实施了好几年。而且创办公立学校，将教育系统化，正式化也被公认为是商毅推进的仁政之一。而在教育中加入数学、物理、天文、世界地历、历史、外语等内容，虽然也引起过一些争议，但反对的势力并不强大。因为东南沿海地区的风气比较开放，对于新事物的接收也很快，而且商毅并不是废弃了传统教育，只是加入了一些新的课目，不少开明有识之士也都清楚，这此科目确实都是有用的学问。
不管愿不愿意，反正商毅己经这么做了，在公立学校上学，就必须学习这些课程。而公立学校全部都是免收学费，使用免费教材，同时给学生提供一些必要笔墨纸张，对绝大多数人家来说，都居有很大的吸引力，因此在公立学校上学的学生还是占了大多数。
但【科举考试制度规范】的发布，却引起了不小的争议，当然争议的主要焦点，就是将一些自然科目引入到科举中。在【规范】中还附有一张自然科目的范例考卷，共计有六十题，毎题一分，其中包括有数学（含几何）、物理、天文、世界知识、时政五个部分的内容，每一部分的分数在十到十五分之间，以四十分为及格线。自然科目不及格，不能中的。
将自然科目引入到科举，确实在中国一千多年的科举考试中，是从未有过的事情，因为中国古代一向都不重视自然科学，因此一些道学者、士大夫都强烈的反对这一点。而对其他内容，到都能接受，毕竟废除八股文，扩宽科举的命题限制，己经是仕林人士的共识。也有相一部份人和王夫之的意见相同，认为可以把自然科目全部归到经济物科里面去，没必要参到科举里面。
当然反对的口气也不是一边倒，也同样有不少人持支持立场，因为自然科目己经在南京政府的教育体纟中存在下来，不少人也从中看到了希望，自然科目学得好，也同样能够通过科举做官，另外还有一批人是绝对拥护商毅的支持者，也都持赞同态度。
同时【中华时报】也再一次发挥政府口舌的工具，连续发表文章、评论、说明自然科目的重要性，以及将自然科目引入到科举的好处等等。因此又引发了一场口水大战。虽然也有一些道学者写文反驳，但传播的范围和影响力都远不及【中华时报】。
不过就在几天之后，在参政院里就有议员发出了“反对将将自然科目引入到科举”的提案，为此也在参政院里展开了激烈的辩论，足足花了一天的时间，这也是参政院实行了会议制度规范之后，对一个提案花费时间最长的一次，当然这也和辩论有多次被打断有关，其中还引发了两次混乱，有五名情绪激动的议员被逐出会场，另外还有大量的议员遭到违规，或警告。
在最后的投票表决中，以一百五十七票赞用，一百五十二票反对，十三票弃权，尽管赞同占了多数，但未能达到投票的半数，因此这一提案并未能通过。
原因就在于，参政院里的议员来自社会各层，真正的传统读书人所占的比例并未超过半数，还有大量的经商者、手工业者、实业者。因此传统观念在这里并不一定有立场。而且大多数人对商毅都十分拥护，诸多因素加在一起，最终出现了这个参政院成立以来，最居有争议的一次投票表决。
不管怎么说，结果己经定了下来。当然商毅也早就做好了被参政院表决通过的准备，就算是被表决通过，商毅也不打算退让，也要强行通过。因为商毅十分清楚，只要自己坚持不动摇，反对的声音就会慢慢自动消失，而学生们也都会去老老实实学习这些自然科目，毕竟十年寒窗苦读，不就是为了金榜提名的那一刻吗？能够真正坚持自己学术原则的人，总是少数，而等考过几次之后，就算再有人反对，也没有用了。
而这时在前次战役中抓到的绍武、永安两个朝廷的皇帝朱聿鐭和朱以海，以及皇室成员，主要大臣一共有一百多号人，也都押送到了南京。
商毅下令，将朱聿鐭和朱以海，以及他们的家人都送到孝陵去给朱元璋守坟，实际就是把他们的活动限制在孝陵的范围之内，等于的变向的监押。并且平时付责一些打扫卫生之类的工作。因为商毅并没有禁止明朝的遗臣去参拜孝陵，但毎天只开放一个时辰的时间。因比在这一个时辰内，朱聿鐭、朱以海和他们的家人都将限制行动，不许和外人接触。
在中国历史中，对新兴王朝对前朝皇室的态度如果是大一统王朝，往往比较宽容，一般都会留着养起来，在有些王朝，还比较优待，而如果是分裂时期，则比较严厉，往往会斩尽杀绝。当然元清两朝是例外，因为是异族入侵，由其是清朝，基本将明室的后裔全部都杀光。
商毅并不是一个嗜杀的人，除非是需要立威的时候，一般对俘虏都不会滥杀，顶多就是去做苦工。而且也分别对待，满族、还有日本、朝鲜、荷兰这亗外籍俘虏都是去开矿，或是开山釆石；而汉族俘虏，还比较优待，一般是开垦荒地，或是修路，在干了几年苦工之后，还会释放。
因此商毅也不打算对明朝的后裔下手，而且商毅也并不认为，朱聿鐭和朱以海这些人能够翻得起多大的浪来，毕竟明朝己经是不得人心，注定无法再恢复了。杀了明朝的后裔，只不过是对自己不自信的表现。只不过现在还没有实现全国的统一，才先暂时将他们监禁起来，等商毅统一了全国，统治稳定下来之后，早晚都会将他们释放。而绍武、永安两个朝廷的其他主要大臣，也是一样。当然前提是他们都要老实的接受监禁。
等朱聿鐭、朱以海以及家人安定下来之后，朱媺娖、朱媺婕姐妹也联名送来一些生活用品，向他们表示了慰问，并且也告戒他们，不要再有其他的妄想，老老实实的在孝陵里为太祖皇帝守陵。
其实朱聿鐭、朱以海都不是胸有大志的人，在路上也是提心吊胆，生怕自己到达南京，就会被商毅所杀，但到了南京之后，被安排到孝陵居住，虽然是被监禁，但至少也表示商毅没有杀他们的意思。而且朱媺娖、朱媺婕姐妹也送来物品，更是让他们安下心来。因为朱聿鐭、朱以海都知道，朱媺娖早己经嫁给了商毅，那么这也就代表着商毅的意思。因此也就安心的在孝陵里住下了。
虽然他们的活动被限制在孝陵内，但孝陵的占地面积很大，不在南北京的紫禁城之下，因此并没有拘束的感觉，而且毎天的饮食也都供应得比较充足，虽然比不上他们当皇帝的时候，但也不算差，毎一餐都有酒有肉，还有时令季节的蔬莱。而毎天打扫卫生什么的，也就等于是煅炼身体了，因此两家人在孝陵里住了几天之后，觉得这样的生活也不错，用不着争权夺利，提心吊胆。
而那些一起被送到南京的绍武、永安两个朝廷的其他主要大臣，则都送到南京郊外的一家劳改农场里，和抓到的俘虏们进行劳动改造，其中还一些他们认识的士兵，当毎天从事一些简单的农活，但在农场里到是可以自由活动，而且还给他们提供一些书籍和【中华时报】。
这样的处理结果，到这些大臣们有些意外，有不少大臣在来南京之前，是都怀着必死的决心，也有几个人甚致还准备在见到商毅之后，大骂他几句，也有人写好了遗诗，在受刑前作慷慨激昂将的念出来，总之都巳经做好了尽忠取义的准备。
当然也有一部份人心里在盘算，传闻商毅素来礼贤下士，爱材如命，会不会来招揽自己，那么自己也应该注意火候分寸，差不多的时候，就装出被感动的样子来，投到南京政府中去。有些人还在演练自己在被感动的时候，应该是什么样子，说什么话，是作对天长叹状，还是泪流满面，是该说“真圣眀之主也”还是说“非臣不忠，实在是势不可违”。
但谁也没有想到，那知到了南京之后，商毅压根就没理自己，直接仍到农场里进行劳动改造。每个人都在这种不知所措的心态中，开始了自己的新生活。
第五卷 飞天篇 第一六九章 局势的变化（一）
其实商毅根本就没有把这些南明旧臣放在心上，还是那句话，关他们只是暂时，等国家稳定下来之后，就把他们都放了，要不然老是关着他们，也没多大意思，还要花钱养着，太不划算了。
这时己经进入了后明六年、清顺治七年（1650年）四冃，在南方战场前线的各部队也都休整得差不多了，统战部也认为，可以进行第二阶段的战斗了。
不过这时战局发生了一些变化，占据云南的大西军余部，接受了永历朝廷的招安，正式加入了永历朝廷，与中华军为敌。
原来张献忠在四川战死之后。大西军在张献忠的妻子陈氏、宰相汪兆龄，和他收养的几个义子孙可望、刘文秀、艾能奇的领导下，收集溃散的大西军余部，重整队伍，率军出川南撤，从川南首先进入了贵州地区，获得了难得的喘息时佪。
而这时大西军的领导层出现了分裂，在贵州的休整期间，孙可望、艾能奇、刘文秀等人也仔细的反思了张献忠的作为，认为大西军以后不能像张献忠那样，胡乱杀人，动辄屠城，还是当以收陇人心为主。而陈氏和汪兆龄则仍然主张滥杀政策。
结果孙可望、艾能奇、刘文秀三人联手杀死了陈氏和汪兆龄，这样就形成了以三人集体领导大西军的体制。而在这三人中，孙可望的年龄最大，而且原来的地位和威信也比另二人高，因此成了三个中间的主要领导人。但重大事情，还是由三人一起商议决定。
而在整肃内部之后，三人也严令各军：自今非接斗，不得杀人。也使大西军出现了气象一新的状况，在贵州省期间，大西军基本能做到秋毫无犯。
不过贵州民贫地瘠，而且又腹背受敌，并不是长驻建基之地，因此三个人也在寻找可以建立基础的地方。而就在这时，明朝的云南石屏土司龙在田邀请大西军进入云南，帮自己平叛。
在崇祯十二年（1639年）的时候，张献忠曾受过明朝的招抚，在湖北谷城驻扎了大半年时间。当时龙在田被明廷调往内地，在湖广、河南平乱，在名议上他是张献忠的上司。而张献忠当时出于策略考虑，曾经拜龙在田为义父，并且从他那里得到了马匹、军械，因此当时张献忠部下的众将，和龙在田的云南军队来往交从比较近密。
后来龙在田己被调回云南，正好这时云南当地的土司沙定州举兵作乱，龙在田不敌沙定州的叛军，跑往大理躲避。听说大西军余部占领了贵州，马上派人携密信通知大西军，请大西军入滇，帮助自已平定叛乱。
结果大西军的战斗力和中华军当然没法比，也不如清军或吴三桂的川军，但比起沙定州的叛军来，还是绰绰有余，入滇之后，很快就击败了沙定州的叛军，占领了昆明，并且与明朝的云南总兵杨畏知、黔国公沐天波达成协议：一，不用大西年号；二，不妄杀人；三，不焚庐舍、淫妇女。双方合力，只用了不到一年的时间，就迅速的占领了云南全境，并擒杀了沙定州。
一统了云南之后，孙可望自称平东王，以刘文秀为抚南王，艾能奇为定北王，封官设职，以杨畏知为华英殿学士兼都察院左都御史，沐天波仍为黔国公，大西军的原将领严似祖为吏部兼礼部尚书，王应龙为工部尚书，丁序焜为户部尚书，任僎为副都御史掌都察院事，马兆羲为学院，张虎为锦衣卫。但并没有建国立号。
然后孙可望等人在云南悉心经营，前后近三年，云南全境大抵平静，既没与清军发生战斗，也没与南明政权有太多接触，基本处于一种相对封闭的境地。由于政策措施正确得当，云南地区的社会安定，生产迅速恢复发展，大西军对云南的统治日益稳定，实力已经大大增强。比张献忠在四川的时候，还要强盛，居说总兵力可以达到三十万。
不过云南毕竟不是世外桃源，孙可望等人也知道，无论是明军还是清军，或者是中华军，一但得势，必然会束进攻云南，在这个乱世的年代，根本就不可能置身事外，早晚都要衼卷进这个时代的风云中去，因此孙可望等人一也在经营云南的同时，一边也没忘了打听外面的情况，寻找主动参与出去的机会。
而孙可望等人首先想到的，还是和离自己最近的永历朝廷合作，因为云南毕竟过于偏远，大西军只能从贵州、广西一带的地区得到的消息，并不能完全掌握这时的天下大势，甴其是对南京政府的情况，所知极为有限，在孙可望等人看来，商毅不过也和自己一样，是一个独占一方的割据势力，只是他占的是长江地区而巳，而明朝还代表着正统，另外云南的原明臣杨畏知、沐天波也极力劝说孙可望奉立永历朝廷，出兵相助。
因此在后明五年，清顺治六年（1649年）初，孙可望派杨畏知为使，赴桂林向永历朝廷进奉表，并进献南金二十两、琥珀四块，马四匹，以表善意。但也请永历朝廷封自己为秦王。
但当时永历朝廷拥有广西、贵州两省，兵马十余万，势头还不错，吴、楚两党都反对招纳孙可望，因此这事也不了了之。但过了没几个月，中华军出兵南进，永历朝廷被打得大败，弃守广西，逃到了贵州，人马损失大半，吴三桂又逃入四川，于是这时又人旧话重提，建议永历朝廷招纳大西军，以拒中华军。
而永历朝廷这时也是走投无路，只好把死马当活马医，派贵州巡抚钱邦芑与大西军联络，正式招纳大西军，并封孙可望为景国公，赐名朝宗，刘文秀宁侯，赐名若琦；艾能奇安侯，赐名时泰。
就这样大西军如另一时空一样，终于参与于到天下的纷争中来。
商毅对此到并没有太在意，在击败永历朝廷，收复广西之后，商毅也预计到大西军有可能参与进来，毕竟在这个时候，战争己经扩展到了云南边境，大西军也不可能再置身于事外了。在另一时空里，大西军出滇抗清，是南明历史中的一个重点时刻，从1650年开始，大西军北出贵州、四川，东进广西、广东、湖南，几次挫败清军，尽管最终没能阻挡住南明的覆灭，但也确实取得了不少辉煌的战果，成为南明后期抗清的主力，使当时本来己是难为济的永历朝廷又多撑了十几年。
不过商毅并不认为现在的大西军还能够复制另一时空里的成绩，首先中华军可不是清军，战斗力远超过清军，而大西军毕竟还是一支纯冷兵器的传统军队，他们的战斗力，决不会超过另一时空的水平；其次中华军的民众基础也远比清军要好得多，在清军与大西军交战的时候，在广西、广东、湖南、江西的统治都不稳定，而现在湖南、江西己经成为中华军稳固的大后方，广东、广西虽然才刚刚占领，但也基本恢了秩序，加上南京政府的财力，物资充足，比另一时的清军要强得多。还有一点就是商毅早早下手，把李定国给挖走了，在另一时空里，李定国在南明后期的作用举足重轻，大西军出川之后，取得的辉煌战绩中，有一大半都是李定国的功劳，而现在李定国已经是中华军的一员大将了。
基于这些因素的考虑，商毅认为大西军并不足为虑，对中华军的危胁甚致还不如吴三桂的川军。一来吴三桂也算是这个时代少有的名将，而且川军以当初的关宁军为基础组建，本来的战斗力就不在清军之下，现在又装配了大量的火枪火炮，有朝着近代军队模式发展的区势，另外四川地势险要，易守难攻。物产丰富，也能为吴三桂提供足够的后勤支持保障。
因此在商毅看来，这个被自己的蝴蝶效应造成的军事力量，才是目前自己最大的敌人。而在南方的第二阶段战役，商毅的计划方略是先打四川，再收云南。