叶知秋问段云逸可有治疗瘟疫的方子，段云逸说了自己的用方，治愈的成功率一般。叶知秋也把自己在里弄县治疗流感的方子说了，两人经过一番商议，共同拟定了一个方子。决定再用这个方子进行治疗，看看效果如何。
段云逸告辞走了，叶知秋用两人商议的方子，开始给蒲老汉患病的儿孙治疗。同时，他准备开始种痘预防天花。但是，用谁来作第一个实验品，这让他感到为难了。
便在这时，他们遇到了麻烦！
麻烦来自于乱民，京城里已经失控的乱民。
但凡出现灾难，人们第一个想到了东西，就是粮食。正所谓手中有粮，心中不慌。于是乎，粮店就成了乱民优先袭击的目标。
这之前，已经有乱民来准备抢粮，但是，蒲老汉已经有了准备，动员所有伙计，拿着菜刀、棍棒，进行抵御，伤了几个乱民之后，乱民退走，这才保住了粮店。
想不到，更大的冲击接踵而来。
那天，叶知秋正在病房里察看蒲老汉的生病的孩子，其中一个身患两种瘟疫，一个是流感，一个是天花，这个基本上已宣告死刑，因为他也不知道该如何治疗天花，而另一个，得的只是流感。叶知秋给两人都用了他和段云逸共同研究的方子。
一个病人开始有效，但是另外一个病人的效果却不显著。就在叶知秋皱眉思索该如何调整用方的时候，听到大门外面乱成一团。甚至还有喊杀之声。
紧接着，一个伙计跑来禀报，说乱民在撞粮店的大门，要进来抢粮食。问怎么办？
蒲老汉跺脚道：“这还用问？敢冲进来的，给我往死里打！”
“可是，他们的人太多了，打不赢啊！”
蒲老汉额头冷汗直流，他知道，一旦乱民冲进来，只怕全家性命都不保。现在只能先把家人性命先保住了再说。赶紧吩咐伙计们都到前门顶着，掩护全家和叶知秋他们从后门撤走。这一天他早已经估计到了，所以早已经有了准备，金银细软都已经打点好了。
这时，又有一个伙计跑来，说不用担心了，来了一队官兵，抓了一些乱民，都跑了。
蒲老汉大喜，这个时候还有官兵出面帮忙维持治安，真是太难得了。必须好好酬谢人家，说不定后面还要用到呢。赶紧吩咐帐房封了五十两银子，亲自捧着来到前门外，酬谢这位将军。
叶知秋很好奇，也跟着出来，瞧见一位年轻的军校，身穿连环锁子铠甲，骑着碳黑马手中一杆大枪，定睛一看，不由惊喜交加，原来这人，正是叶知秋失散一年的三哥孙永虎！
上次孙家大难，孙永虎为了保命，只身逃出了京城。从那以后，杳无音信。想不到他却逃到大理，而且，成为了一个大理的将军。
叶知秋高声叫道：“三哥！”
孙永虎正要拨转马头，带兵离开，突然听到一个熟悉的声音。好象是自己的弟弟，急忙循声望去，便看见一个全身穿着连体服的半大少年，全身都罩在连体衣里，面部也蒙了一块口罩，看不清脸。但是对方明明就是在盯着自己看。迟疑片刻，问道：“你是……？”
叶知秋一把扯下自己的口罩，上前两步，道：“三哥！是我啊！我是永泽啊！”
“老四！”孙永虎终于认出了叶知秋，大喜过望，翻身下马，将大枪扔给追随的亲兵，跑了过来，砰的一把抓住了叶知秋的胳膊：“老四，你怎么跑到大理来了？还穿成这个样子！”
叶知秋道：“说来话长，走，咱们到里面说去。”叶知秋介绍了蒲老汉。蒲老汉一听，率兵前来解救自己一家的，竟然是恩人叶知秋的亲哥哥。更是心中大定，连声称谢，送上银子，孙永虎也不客气，吩咐亲兵收了。拉着叶知秋的进了蒲老汉家大院。兵士们则在大院外警戒。
来到大堂，范妙菡也上前相见，见到小师妹，孙永虎也是十分亲热。双方互说了离别之后的情景。
却原来，孙永虎逃出京城之后，知道只要自己留在大宋，就难逃官府的缉拿海捕。所以干脆一口气逃到了大理。
正好赶上大理朝廷招兵，孙永虎便化名参加招考，因为武功不错，直接当了小旗。在征讨南边叛乱的倒台皇帝的党羽时，因为作战勇猛，又带兵有方，所以提升很快，才一年时间，就已经当上了把总。
这次皇帝带着重臣逃避瘟疫，逃出来京城，为了保护京城里的皇城还有大臣们的府第，就从各地调动军队进京维持治安，保护家财。孙永虎所在的军队也奉旨进京。想不到跟弟弟不期而遇。
叶知秋把自己这一年的经过说了，孙永虎这在知道自己的这个弟弟已经成了国舅爷了，又听说爷爷已经病死，当下悲喜交加，禁不住落下泪来。
说到这场瘟疫，孙永虎也是心存恐惧，听叶知秋说了有办法防止天花，只是找不到适合的人进行测试，不由笑了，道：“这些天，我抓了不少乱民，有好些是杀人越货的死囚，何不用他们来测试？”
叶知秋大喜，当即答应。
孙永虎将亲兵叫进来，让他们去从抓获的犯了死罪的乱民中提十个人带来。
亲兵答应走了。
死囚很快带到，叶知秋从街上死亡的天花病人身上痘痂提取脓液，移植到死囚身上，又找了一头奶牛，进行牛痘栽培移植。
经过十多天的实验，以几个死囚染上天花死亡为代价，终于培养栽培成功。
经过他种痘之后的死囚，在与天花病人密切接触之后，没有染病，而作为对照组的没有种痘的死囚，染上天花而死。
叶知秋终于掌握牛痘的接种技术。
而就在这时，浦老汉派着等在驿站的儿子，也终于等到了逃回来的林亿、孙老太医、范纯佑等人。
派去其他地方的太医则始终没有回来，后来才知道，这些太医都已经染病埋骨他乡了。
大家见面，惊魂之下又复高兴，都有劫后余生的感觉。
叶知秋准备所有医者召集在一起，将自己探索成功的种痘技术无偿传授给大家，但是，得知他这个想法之后，老三孙永虎阻止了他，并把他单独交到了屋里，跟他商量重要的事情。
孙永虎关上门，低声道：“老四，千载难逢的机会来了！搞得好，咱们就能成就一番霸业！”
叶知秋不明白，望着他。
孙永虎道：“现在瘟疫流行，只有你懂得预防瘟疫的手段，咱们就以这个为聚集兵马的手段，就说你就是神仙的弟子，神仙派你下凡治病，凡是愿意跟随你的，就不会感染天花。这样一来，我敢保证，一定会有越来越多的人参加到我们队伍中来，那时候，争霸天下，便指日而待了！”
叶知秋摇头道：“治病救人是我们医者的本份。怎么能用来争霸天下呢？我没有这分野心。
“不需要你管别的，你只需要给他们种痘，别的事情都交给我好了。”
“那也不行！”叶知秋道：“现在百姓已经被瘟疫搞得很苦，我们不能再起兵造反，天下大乱，可不是什么好事！我必须尽快扑灭这场灾难，要达到这个目的，就只有让更多的医者掌握这项技术。”
孙永虎黑着脸道：“老四，你这样大公无私，有什么好处？”
“治病求人，病人能康复，能挽救大多数人的性命，这就是我们医者的好处！”
孙永虎瞧着他冷笑，缓缓道：“老四，这次的机会太难得的，我不能让你把我的计划打乱，所以，对不起了，我只能把你软禁起来。”
孙永虎一挥手，几个亲兵围拢过来，将叶知秋团团围住。
叶知秋怒道：“你就算把我软禁，也休想让我帮你！”
孙永虎道：“你会帮我的，我之所以提议让你帮我，只是因为你是我的弟弟。最好不要让我用强，免得伤了和气。”
叶知秋笑了笑，道：“人算不如天算！——雪奈！”
话音刚落，从房梁上飞出一道黑影，在孙永虎还没有来得及反应的时候，一柄怪异的虾夷刀已经架在了孙永虎的脖颈上，同时，身上数处穴道被点中，全身酸软，动弹不得。
直到这时，亲兵们这才反应过来，但是，将军已经被人制住。制住他的，当然是虾夷女雪奈。
孙永虎又惊又怒，瞧着叶知秋道：“老四，你，你要杀我？”
“只要你不乱来，就不会杀你！”叶知秋对那几个亲兵道：“如果你们不想让你们的将军死，就把武器放下！”
孙永虎急忙命令亲兵把武器放下。叶知秋又让一个亲兵把其他人都绑了，最后这个则被雪奈点倒绑了。
叶知秋对孙永虎道：“现在瘟疫已经把天下搞得大乱，绝对不能再让你给天下添乱，给百姓带来更多的灾难，所以，我只能把你带回大宋。不过现在，还不到时候，我还需要你的士兵保护我们。”
“老四！这是一个可以一统天下的绝好机会，你要是错过了，会后悔一辈子！”