11月6日自“徐蚌会战”（淮海战役）开战以来，噩耗连连，蒋介石期望已久的战略决战没有按照他的设想而发展，所以脾气暴躁异常。
11月13日蒋介石的“文胆”陈布雷先生不知因何触怒总统，回家后以心力交瘁为由自杀身亡，年58岁。蒋总统一面假意悲伤不已，一面任命赵继统为总统府秘书厅秘书长之职。
11月18日中共中央军委电令东北野战军立即结束休整，80万东北野战大军于21日到22日取捷径以最快的速度隐蔽入关，突然包围傅作义的华北“剿总”各部于唐山、塘沽、天津。
同时徐蚌战场的黄伯韬兵团（第七兵团）在运河以西的新安镇碾庄圩被歼。26日行政院长翁文灏辞职，孙科继任。
28日宋美龄再次赴美，争取援助，以挽回国民党的颓势。但美国方面则坚持为私人访问，不予官方接待。杜鲁门也只是以私人身份唯一短时间接见过她一次，后来便不再接见，使得蒋氏夫妇丢尽了颜面。
蒋介石躺在床上咬牙切齿，大骂美国佬“娘希匹”。 一无所获的宋美龄，无奈之下，只得悄然离开华府。
12月2日蒋介石派汤恩伯兼京沪警备总司令。此时黄维12兵团还在东进，妄图夺取宿县。黄维兵团拥有4个军和一个快速纵队，其中包括国军五大主力中的18军，是陈诚土木系的嫡系部队。
可是中野已经给他设下了大口袋，用几乎同等兵力，将其包围在双堆集。国军在淮海完全陷入被动，杜聿明被迫率领邱清泉、李弥、孙元良三个兵团向西南撤退，企图依托淮河，会同蚌埠的李延年、刘汝明兵团解黄维之围。
未料在永城地区陈官庄就被华野主力团团包围。杜聿明无奈下令三个兵团分三个方向突围。
此时孙元良将狡猾的本领发挥到了极至。孙元良指令16兵团所部分散突围，令曾配属过快速纵队的125师掩护兵团部突围。为防杜聿明变卦，孙元良还命令截断电话线，嘱咐指挥部电报一律不收。
结果邱清泉和李弥部果然奉杜聿明之命取消突围，孙元良部孤军突围，一万多人在混乱中被歼，军长、师长大多被击毙，残部只得重返包围圈。可是孙元良居然化妆成中尉副官，趁乱骗过盘查，只身逃脱!
后又化妆成农民，逃到信阳火车站，这位在“南京大屠杀”中侥幸存活的将军(现有文献对孙从南京脱险语言不详，但没有文字提到他曾被俘，自述为一老媪所救)，再一次逃脱了被俘或被杀（孙家中供养一老妇，全家礼节恭谨。但这老妇于孙实际并没有任何任何亲属关系。据说南京陷落时，孙所部大部伤亡，孙作为师长在最后指挥，未能随部队突围。他化妆隐藏被日军搜出，和其他被俘官兵集中，要作为‘便衣兵’拉出去枪决。这时南京大屠杀最残酷的时间已过，有时日军也允许百姓来认走抓住的青壮年。有老妇忽指孙是自己儿子，不是溃兵。孙元良当时柱一拐，口音与当地人迥然不同，日军很是怀疑，让翻译询问，称如认了，就母子一起杀。但老妇始终不改口，恰好此时附近忽有枪声，日军急于去察看，随手下令放掉，孙遂幸免于难。此后才知道那老妇本是来寻自己儿子的，寻不到，看孙象是来打仗的外地兵，不忍他死在这里，遂出言相救。孙脱险后，遂视之如母，终生不渝。事情真伪，大约只有孙家近人可作证明了）的命运。
1949年1月6日，华野发动总攻，杜聿明、邱清泉等人非死即降。孙元良却已经回到南京，获准重组16兵团了。对比之下，素有“长腿将军”之称的刘峙只能自愧不如。
孙元良率领的整整一个16兵团从陈官庄突围，结果跑到外边一看，还剩四百多人。此战解放军说孙元良单身逃走，这倒是有点儿过分了，不过八万多人的一个兵团，剩下四百和孤身脱出也实在差不多了。
一个兵团怎么会一夜之间全军覆没呢?按照某电影的说法赶鸭子也没有这么快。
一位幸存孙兵团的成员给了比较合理的解释：孙兵团的崩溃，是遇到了百年难一遇的事情，那就是 ——“营啸”。
“营啸”，是古代军中的说法，俗称炸营，指的是过于紧张的军队完全丧失理智，北宋救援太原之战，就因为有传闻宗翰来了，引发二十万大军营啸溃散。
根据经历人的说明，孙的部队撤退到萧县不假，但遭到了解放军部队的夜袭。以夜袭而论，歼灭一个团，一个旅有可能，一个兵团基本是不可能的，可是孙军的状况非常不正常。
当时他们突围出来，经过一夜狂奔，凌晨时认为已经远离了战场，于是数万人几乎同时倒下酣睡，外围部队连岗哨都没有放出。
拂晓，解放军少数部队突然发动夜袭，突围成功。孙兵团官兵被围多日之强烈紧张后骤然放松，又突然被袭击，神经顿时崩溃，于是全军惊叫而起，甚至自相残杀，激烈混战起来，于是几万人的大军就此溃散无法收拾···
这可能是至今为止万人大规模营啸的最后一次。
赵继统对这个孙家的败类（赵继统母亲姓孙）深恶痛绝，其一、贪生怕死，37年12月10日，南京保卫战打响。孙元良（为第72军中将军长，仍兼88师师长）指挥的88师未经休整，迅速投入到南京保卫战中，负责守卫南京的制高点雨花台和南京城南。虽然浴血奋战，终因兵力、武器、给养方面的全面劣势，仅仅两三天，外围阵地即告失手，复廓阵地主要方向也被日军突破。
12月12日上午，雨花台阵地陷落，日军居高临下，攻击中华门阵地。88师262旅官兵不顾日军炮火，坚守城垣。此时的孙元良却率师直属队和262旅一部擅自向下关撤退，企图渡江北撤。在挹江门内被36师师长宋希濂的督战队用机枪“劝阻”，只得返回中华门继续作战。
中午，中华门被突破。孙元良狡猾本色再现，不通知部队，独自逃跑，躲入南京外馆。5月中旬，孙元良到武昌珞珈山中央训练团党政班担任副主任。这时候该班有一个秘书卢则文，他同孙在苏州东吴大学同学，卢在抗战初期曾在一个外国公馆工作，有这个关系，孙就事先同他接头，一到南京紧急时候就偷偷摸摸只身逃躲卢为他接好头的某国驻华公使馆。
后来在《拉贝日记》中，找到了其在南京躲藏的佐证:“对于国民党第72军军长兼88师师长孙元良，拉贝更是关心入微。得知孙藏身在难民营中，拉贝亲自将他接到金陵女子文理学院顶层密室里居住···”