陈诚电令前线各部迅速调整部署:一、令长江南岸第一线暴露于敌前之部队，立即向后收缩，避开敌强大钳形攻势，待敌深入至山岳地带后，再行截击反攻。二、令原驻守桃源地区，拟为守备常德的王耀武第74军，王甲本第79军，火速调往石门地区，担任战区机动，相机侧击敌人。三、令驻于万县地区的彭善第18军，火速赶赴宜昌以西，加强陪部门户石碑要塞的防务。四、令宋肯堂第32军以一部兵力，前出都镇湾一带，加强清江南岸防务。
陈诚发出电令后，立即飞抵恩施前线指挥作战。公安地区守军第87军，在日军东西两头强大钳形攻势下，情况正危急时，军长同样初接到陈诚向后撤退的命令，立即率领全军放弃阵地，向西南方转移。数万日军在公安“钳”了个空。但马上掉头向西南穷追猛进，终于咬住了第87军和86军各一部的“尾巴”，将其吃掉了。
陈诚决定在清江沿岸和石碑要塞一线与敌决战，决战日期预走为5月31日至6月1日间。清江方面夹击决战。日军第3师团，第13师团等部约四万人马，加上伪军第29师等部万余兵力，在遭到守军节节打击之后，先后占领了渔洋关、长阳地区，钻进了山岳丛林之中，到达了决战地带。
守军机动部队第79军立即从石门北上，第10集团军从资丘南下，对渔洋关之敌夹击猛攻。第32军和第86军，从南北两个方向，对都镇湾地区的日军施以夹击。石碑方面的阻击决战。5月23日。宜昌日军第39师团和第34师团约两万多兵力，在长江北岸一百多门加农炮和**炮的连续吼叫声中，分乘上百只舟艇，一齐扑向南岸，冲击陪都重庆的门户。守军利用天下闻名的峡江天险，在即设阵地上与敌逐洞、逐壕对抗，日军每向前推进一步，都要在阵地前丢下累累尸体。
石碑要塞守军第18军之11师和第5师等部，凭险固守，沉着应战。敌出动飞机和舰艇，配合陆上进攻，猛打猛攻数日，要塞阵地岿然不动。而日军却在此丢下数千具尸体。5月31日以后。北路日军在遭到守军夹击、阻击之后，伤亡惨重，又因久战，疲惫不堪，乃不得不全线退却。守军士气高昂，全线奋起追击。
清江方面，担任后退掩护的敌第13师团三个大队，三千余人，在渔洋关以南磨市附近被第10集团军之新23师、55师、98师、121师各一部包围，基本上被歼灭。日军第13师团司令部及主力，以及第17独立旅团一个大队，在宜都城郊一条狭长的山谷中，被守军第121师、第118师、第194师，第98师主力包围，几经激战，被歼灭大半。
43年6月15日。各路日军夺路而逃，守军奋起追击，双方完全恢复到了5月5日之前的态势。此次会战，日军死伤:二万五千七百一十八名;毙伤和缴获战马共一千三百八十四匹;击落敌机四十五架;击毁敌汽车七十五辆;击沉、击伤敌舟艇一百二十二艘……
蒋介石来到恩施，慰劳得胜的第六战区将士。在恩施举行的庆功大会上，陈诚司令长官登台讲话:“中国自抗战以来，因武器装备与日军优劣悬殊，中国士兵与日军在战场上的对比，通常为一与五之比。但在此次鄂西会战中，由于我方对敌情判断的准确，将士的勇猛，再加上鄂西崇山峻岭等有利条件，敌我之对比已转变为二与一之比。就是说在此次会战中。一个士兵即对付两个日本兵，却取得了巨大胜利。……”
在“鄂西会战”中，中国军队牺牲23550人，受伤18295人，失踪7270人。国军以十四个军抗击日寇六个师团，日寇伤亡一万余人。同时，“鄂西会战”是首次中美空军联合作战，共击落日机四十一架、炸毁停在机场的六架、破坏机场与阵地各六处以及炸毁日舰二十三艘，中美联合空军发挥了巨大的空中优势。
大本营原定会战后调往太平洋战场支援日军与美军作战的甲种师团第十三师团遭国军重创，在鄂西会战后已没有能力前去太平洋战场，此役国军也以巨大的代价有力的支援了太平洋战场。在“鄂西会战”期间日军将湖北石首、公安及湖南华容、南县、安乡5县的5万多军民，追赶至半岛型厂窖。日军在这里创下一天集体屠杀超万人、单个日军杀死10人、每个日军1天杀3人的连续三个人类暴行的极限，日寇屠杀的3万中国同胞是中国南京大屠杀之后的第二个大惨案，史称“厂窖惨案”。
接连的失利令日本颜面大失，为挽回颓势重新部署与调整南方军，寺内寿一向大本营提出了增兵建议。要求加派2个地面师团(缅甸)，1个旅团(马来亚)，防空部队2个兵团(巴邻旁及庞卡兰布丹)，泰国和法属印支驻屯军各1队，高射炮23个大队，若干工兵部队，另外还迫切呼吁将缅甸的第15军扩编为方面军。
与此同时，大本营（主要是赵继统起草的）也制定出“1943年度陆军西南指导计划”,决心放弃先前以实现军事管制和占领区治安为重点的战略意图，转为主要着眼于击退盟军反攻的准备与作战上，将防御重点放在缅甸和主要的资源产地。于是，通过新组建和从其它战区抽调部队，南方军又重新得到加强。
考虑到缅甸势将成为日、盟两军殊死拼搏的战场，1943年2月27日正式成立缅甸方面军。方面军（司令官河边正三中将)下属第15军(辖第18，第33，第56师团)和第55师团。即将充实第15军的还有第15师团(原属中国派遣军）和第31师团(新建)。
在班达海方面，这年1月成立了第19军，含第48，第5师团和第46师团(新建)。3月，又决定将第54师团(新建)加强爪哇的第16军。11月中旬，原属关东军的第2方面军，第2军两司令部也进驻澳北。大本营随即发布南方军第2方面军序列令，司令官阿南惟几大将，下辖第19军，第2军(其骨干是原属中国派遣军的第36师团)和第7飞行师团。