一方面，王敦名义上是“清君侧”，把矛头指向刘隗、刁协两个朝廷公敌，士大夫又都跟琅邪王氏关系很好；另一方面，王敦确实属于犯上作乱。不言而喻，江东众臣的内心无比纠结，他们在忠君道义和盼望刘隗、刁协被王敦灭掉这两种矛盾的心理状态下左右徘徊着。
太子中庶子温峤就属于这类典型。他问尚书仆射周（yi）道：“大将军要清君侧看似也有些道理，应该不算过分吧？”
周的价值观是忠君道义高于一切，他回道：“陛下非尧舜，哪能没过失？如果陛下有了过失，臣子就发兵犯上，这不是叛乱是什么？”
这段对话充分展现了江东臣子的复杂心态。相信大部分人都和温峤一样，因为不爽刘隗和刁协，故有心支持王敦。而也有不少像周这样的人，当国难当头，维护皇权就是唯一的选择。不过，从周的回答中也能看出，他也认为这事是司马睿的不对，因为，包括他自己在内的绝大部分同僚都被刘隗和刁协咬过。
请罪
我们再看看跟王敦有直接关联、立场更加尴尬的王导以及琅邪王氏一族的情况。按理说，王敦发起叛乱，相关亲属是要被族诛的。事实上，就在刘隗从驻地返回建邺的途中，他已经给司马睿连发密函，建议杀掉王导了。但司马睿没动手，他有点不忍，更重要的是不敢，他不知道这么做到底有没有好处。
王导明白自己正处于生死关头，他得知王敦发兵的消息后，火速召集了建邺所有族人嘱咐道：“在朝为官者全部脱去朝服，大家闭门谢客，无论陛下做出什么决定，都不准反抗。”接着，他又指名道姓点出了二十几个在朝廷担当要职的族人：“中领军王邃、左卫将军王廙（yi）、侍中王侃、侍中王彬……你们几个从明天开始，每天一大早都要跟我去皇宫门口跪地谢罪！”
话音落地，一片哗然。
“我琅邪王氏一族，执掌兵权者大有人在，这么干不是等死吗？”
“闭嘴！按我说的办！”王导从没这么生气过。继而，他沉吟道：“只有这个办法，才能让我们全族躲过大劫啊……”
王导很了解自己，他不是个能豁得出去的人。他也很了解司马睿，他知道司马睿同样不是个能豁得出去的人。以琅邪王氏的实力，在建邺发动兵变不是不行，但如果那样做，不知会死多少族人。而且，史书中又会对琅邪王氏做出怎样的评价？琅邪王氏的未来又该往何处走？
我绝不做司马懿！我要用自己的方式解决问题。
就在王导做出这个决定的当天，族人王含不想束手待毙，逃出建邺，投奔了王敦。这位王含是王敦的胞兄，他跟王敦最亲，在后面还有故事。
王导正如他说的那样，从此不再上朝，每天带着几十个族人齐刷刷跪在皇宫门口请罪。司马睿漠然无视，同僚也漠然无视，不是他们不想搭理王导，而是在眼前的局势下，他们不知道该如何处理王导。
4月中旬，戴渊和刘隗相继率兵抵达建邺。刘隗经过皇宫门口时，看见趴在地上的王导，大吃一惊。他暗想：陛下怎么还没杀王导？就算不杀，至少也该把王导软禁起来。
刘隗恶狠狠地瞪了王导一眼，然后大步流星进了皇宫。
“陛下！王敦谋反，您怎么还放任王导这一大家子不管？他们随时能当王敦的内应。臣建议现在就把他们处死！”
“我一直在考虑这事，不过，我得问问其他重臣的意见。”
“都火烧眉毛了，陛下得马上做决断！”
司马睿摆摆手，打断了刘隗的话。他下不了决心杀王导：一方面是顾忌琅邪王氏的势力盘根错节，担心会因此引发更大的内乱；另一方面他也对这场仗能否打赢心里没底。一旦杀了王导，就意味着完全没有回旋余地，如果战败，王敦绝饶不了自己。
刘隗见到司马睿的态度，心彻底凉了，他这才知道司马睿并无背水一战的信念。他心灰意懒地想：这仗大概是打不赢了。
司马睿屏退了刘隗，随后又召周入宫。这位周，前面多次提到过，他是江北大名士，跟王导关系很好，曾出任过江东集团第一届荆州刺史，适逢杜弢起义未能到任，后返回建邺任尚书仆射兼吏部尚书、中护军，乃是一位手握兵权的重臣。
周经过皇宫门口时也不可避免跟王导碰了面。
王导见老友进宫，预感司马睿肯定会跟周商量对自己的处理方案，便冲着周喊道：“伯仁（周字伯仁），我把宗族几百口人都托付给你了！”
周自然知道司马睿要问自己什么，他也早想好该如何回作答，但不管怎样，在这个敏感时期自己不能跟王导有任何瓜葛，避嫌才是最明智的选择。于是，他躲开王导的目光，径直入宫。王导不知周的心思，心里没着没落。
周一进宫，司马睿果然张口就问：“刘隗劝我诛灭王氏全族，你怎么看？”
周想了很久才开口道：“陛下，王敦谋反与王导无关。王导是社稷忠臣。您如果把王导一族都杀了，除解恨外，于事无补。试问，江东士族有多少人受过王导的恩惠？往后您还怎么在江东立足？”
司马睿心里咯噔一下。王导是不是忠臣无关紧要，重要的是周代表了绝大部分士族的态度——王导杀不得啊！
就在这场关乎琅邪王氏全族生死的谈话中，周犯了一个天大的错误。他跟司马睿一边聊，一边喝起大酒。按说这个错误也在意料之中，周本是个酒腻子，无论到哪儿都少不了狂饮。更严重的是，每次他喝醉都会做出荒唐事。这回也不例外，等周跟司马睿说完王导的处理方案，走出皇宫时已不省人事了。
在皇宫门口，王导再度见到周。
“伯仁！伯仁！陛下怎么说？”
如果说周尚存一丝理智，那就是他仍然记得要避嫌，他还是没搭理王导。然而，仅存的理智也就到此为止了。醉醺醺的周借着酒劲做出了一个极不理智的举动。他经过王导身边时，瞟了对方一眼，然后对搀扶自己的侍从大声说道：“等杀了王敦那伙贼人，我让你们个个都封官授爵！”
王导闻言，恨得咬牙切齿，他并不知道周在司马睿面前为自己求情，他只知道，在自己危难之际，这个曾经跟自己关系不错的人幸灾乐祸，落井下石。
周回到家，倒头就睡。酒醒后，他马上又写了一封为王导求情的奏疏，并将之呈递给司马睿。然而，他却把自己刺激王导的事忘得一干二净。
次日，司马睿赦免王导全族。
王导跪在司马睿面前，泣不成声道：“乱臣贼子哪个朝代都有，不料今天竟然出自臣家，这是臣家的耻辱啊！”
司马睿扶起了王导：“王敦的事跟你没关系。而且，为了让天下人明白你的忠义，我要任命你为前锋大都督，由你亲自率军讨伐王敦！”
王导明白了：司马睿到底是不敢杀我，让我对付王敦，乃是让我们兄弟兵戎相见哪……
无论如何，王导是戴罪之身，司马睿趁机剥夺了其中书监、录尚书事、侍中、假节等官职，保留的只有司空和扬州刺史。
随后，司马睿正式下诏，让王导任讨伐王敦的前锋统帅，戴渊驻守秦淮河朱雀桥，刘隗驻守金城，周札驻守石头城。
朱雀桥、金城、石头城都紧邻建邺，相距不过几里地。
司马睿把自己一手提拔的亲信（姑且把周札也算作司马睿的亲信）全安置在自己眼皮子底下，最信任的嫡系军队变成了贴身护卫，却让王导去打前锋。从这样的战略布局不难看出司马睿的苦衷。他很清楚，大部分朝廷公卿和江东豪族正幸灾乐祸等着看刘隗、刁协完蛋这出好戏，而刘隗、刁协完蛋，就意味着自己完蛋。处在这样的情况下，建邺保不齐会爆发内乱，让亲信离自己近点正是出于安全考虑。那么，他为何又让王导打前锋呢？一来，他必须要借助王导的号召力鼓动江东人参战。二来，他把王导、王敦推向对立的立场，也是希望王导能以家族中的影响力化解这场战争。
接着，司马睿派王廙担任使者，劝王敦退兵。结果王廙一到王敦军中，就把朝廷的战略布局悉数告知，并留在王敦身边不回朝廷了。
定局
司马睿一厢情愿地希望王敦能顾及兄弟情分主动退兵，但王敦绝不会退兵，因为他比司马睿更了解王导，他知道王导跟自己肯定打不起来。
正如王敦预料的那样，王导不会跟自家兄弟真刀真枪地干，与其说他是对抗王敦的前锋统帅，毋宁说他帮王敦开路更为恰当。王导不想做司马懿，但他更不想死，他知道如果王敦一旦战败，自己的命也就算走到头了。在史书中，没有只言片语记载王导这支前锋军的战绩，只是直截了当讲述王敦一路势如破竹，直逼向建邺。总而言之，这盘棋司马睿是输得彻彻底底。
前文说过，纵观中国历史上的江南政权，但凡定都建邺（南京）必须要把上游重镇武昌握在手里。如今，王敦恰恰控制了武昌，并从武昌顺流而下攻向建邺。
地理优势再加上王导的不作为，结果不言自明。王敦只用了一个月，就进军至距离建邺不足十公里远的地方，映入他眼前的是金城和石头城这两座守护建邺的最后障碍。
王敦部将杜弘指着两座城池分析说：“金城守将是刘隗，他招揽了不少死士，军心稳固不好打。石头城守将是周札，这人贪财好利，军队凝聚力低。依下臣之见，不如先攻克石头城。石头城一破，金城独力难支。”这位杜弘正是当初湘州起义军首领杜弢的部下，杜弢死后他投奔了王敦。
王敦采纳杜弘的建议。
果然不出杜弘所料，周札见势头不妙，没怎么打就开城投降了。与此同时，忠于司马睿的周筵（当年只身解决周氏叛乱的人）正打算率三千水军讨伐扬州腹地的沈充，他获悉周札开城投降的消息后，心知大势已去，无奈终止了行动。而跟王敦遥相呼应的沈充更是杀了吴郡太守张茂，成功夺取吴郡。扬州腹地其他郡太守则保持中立，持袖手旁观的态度。由此可以看出，王敦以扫除“奸臣”刘隗、刁协为名发起的叛乱颇具成效。
王敦大军顺利进驻到石头城中，这座城池坐落于今天南京清凉山峭壁旁，城下环绕秦淮河，又扼守长江险要，是建邺西侧最后一道门户。
司马睿慌了神，下令让刘隗、刁协、戴渊、王导、周等夺回石头城。在这些人中，主力自然是刘隗和戴渊，他们麾下共有二万军队。然而，这二万人都是先前司马睿按照刘隗的策略强行征召的豪族奴客，战斗力低得一塌糊涂。一战下来，刘隗、戴渊等人全被王敦打得惨不忍睹。
这个时候，在皇宫东宫，太子司马绍听说全军溃败的消息气得脸红脖子粗。
“备车！我要去前线！亲自统率大军讨伐逆臣！”
他一个箭步蹿上马车，向宫外狂奔而去，眼看就要到宫门，却被一个熟悉的身影挡住了去路。太子幕僚温峤手持宝剑横在东宫门口。
“太子殿下是国家储君，绝不能轻身赴险！”言罢，温峤一剑斩断驾车的缰绳。
司马绍握着手里断成两截的缰绳，看着犹如门神一般的温峤，涌上头顶的热血渐渐退了下去。他想起了魏朝那个冲动的皇帝曹髦。温峤说得没错，我不能轻身赴险，说不定将来还有机会，还有属于自己的机会！
温峤这一剑无疑是救了司马绍的命，日后，他还会再度挽救司马绍。
王敦登上石头城的城楼，望着近在咫尺的建邺，悠然感慨：“我攻下石头城，今后也就别想在世间留下什么好名声了！”
谢鲲在旁应道：“时间能让人忘记很多该忘记的事。您的名声取决于您今后的作为……”这仿佛是一句双关语，可以做两种解释。其一，是建议王敦杀了刘隗、刁协后把政权还给朝廷，如此仍然有希望博个好名声；其二，是暗示王敦就此称帝，而史书向来是由胜利者撰写的。
王敦沉思不语。这两种选择，无论哪种对他来说，都是异常艰难的一步。
说句题外话，谢鲲于一年后病逝，他的家族即陈郡谢氏，在东晋相当兴盛，子嗣后代中名臣、重臣不计其数。四十年后，将会有一位著名的谢氏族人大放异彩，占据重要戏份。
忠臣末路
公元322年5月，矗立在建邺城西的最后一道屏障——石头城沦陷，驻守金城的刘隗和驻守朱雀桥的戴渊连连战败，而在扬州腹地，沈充又占据吴郡。司马睿再无力回天了。
刘隗、刁协仓皇逃回皇宫，跌跌撞撞跑进太极殿，跪在司马睿面前。
“陛下！臣无能，国都守不住啦！”
“我知道二位爱卿最忠于社稷，可眼下这局面谁都无法扭转了。”司马睿握着二人的手，止不住泪水狂流。“王敦不会饶了你们，你们趁现在快逃吧！”说着，他把二人一把推到太极殿外。只听到几声马匹嘶鸣，二人抬眼一看，两匹骏马和几名侍卫已经在殿门外恭候了。顿时，刘隗和刁协老泪纵横。
原本，刘隗和刁协心里都曾有过一丝怀疑，司马睿会不会把自己当作替罪羊送给王敦，可当他们看到司马睿真要放自己跑的那一刻，心底的防线彻底崩塌了。
“臣不跑！臣以性命守护陛下！”
“臣要是跑了，陛下怎么办？”
“你们不用想这些！快跑！”
司马睿不由分说，把二人强拉上马：“我已经吩咐这几名侍卫保护你们去江北。记住，以后再也别回江东了！”言罢，他朝马屁股上狂抽两鞭，两匹骏马带着刘隗和刁协绝尘而去。
后来，刘隗成功逃到江北，投奔了后赵石勒。刁协则因为性格刻薄，得罪太多人，在长江渡口被左右侍卫杀死。
司马睿得知这一噩耗，无比痛心。他查到了凶手的名字，秘密派刺客将之暗杀，为刁协报了仇。
此时此刻，王敦驻扎石头城，只要再往前走一步，他就能攻破都城建邺。怎么办好？一旦攻破建邺，就等于把脸皮彻底撕破，到时候唯一的选择就是杀了司马睿，自己称帝。眼下，王敦还不愿意走到那一步。于是，他在石头城停住了脚步，只等着司马睿主动低头。
司马睿龟缩在建邺皇宫，他明白大势已去，只好派王导、戴渊、周、荀崧等一众公卿前往石头城会见王敦。
群臣来到石头城，转达了司马睿的意思：“陛下说了，如果王公想占领建邺，陛下可以主动让出皇位，没必要搞得生灵涂炭。如果王公心里还有朝廷，希望能就此息兵，陛下可以与您共安天下……”那句司马睿曾听来最刺耳的话——“王与马共天下”，现在终于从司马睿嘴里主动说了出来。他知道，能“共天下”已是最好的结局了。
继而，朝廷拜王敦为丞相、都督中外诸军事、录尚书事、江州牧，授爵武昌公。
这意味着司马睿正式向王敦投降。
王敦开始打出的口号是“清君侧”，既然佞臣（刘隗、刁协）已经被清，司马睿又服了软，王敦也不想把事做绝，遂推掉丞相官位，并颁布大赦令。
战争后，尤其是内战后颁布大赦令基本是惯例，王敦虽打赢了这场仗，但他毕竟不能把所有跟自己作对的朝廷公卿都处死。
就在司马睿宣布投降的时候，远在湘州，谯王司马承依然顽强抵抗着魏乂的猛攻。他以极少兵力牵制住王敦二万军队，死守长沙三个月，然而，他等来的却是朝廷的败讯。长沙守军的士气一落千丈，城池最终沦陷，司马承兵败被杀。
司马睿获悉司马承的死讯后，下诏任命陶侃为湘州刺史，希望陶侃能成为下一个制约王敦的藩镇大员。王敦果断截住诏书，改派自己的亲信魏乂做了湘州刺史。
二名士
戴渊和周，这两个在战场上与王敦真刀真枪干仗的大名士，都在战后被王敦召到了石头城。
王敦瞟了一眼戴渊，奚落道：“前些天你被我打得惨败，是不是没尽力啊？”
“岂敢不尽力，只恨力有未逮。”
王敦冷哼一声，又问：“最近朝廷里都怎么评价我？”
戴渊想了想，说出一句颇有技术含量又不卑不亢的话：“只看您表面的人会说是叛逆，体察您真心的人会说是忠义！”这话把王敦噎住了。一方面，他直言王敦叛逆；另一方面，又说王敦忠义，旨在把王敦的野心堵死。
王敦嘀咕道：“人说戴君善辩，今日一见，果然如此。”
接着，他又转头指责周：“伯仁，你跟我兵戎相见，这算不算是有负于我。”
周理直气壮道：“你兴兵犯上作乱，我没能打败你，的确算有负于你！”
王敦明显觉察到二人对自己的敌意，不禁起了杀念，但考虑刚刚颁布大赦令，周和戴渊声望又高，是杀是留，还得征询王导的建议。他不确定王导是怎么想的，便私底下小心试探王导道：“周和戴渊是大名士，你觉得拜他们为三公合不合适？”
王敦不想把话挑明，但王导也不想做这个坏人，遂板着脸不说话。
王敦看王导不接话茬儿，又试探道：“如果他们做三公不合适，那让他们做尚书可否？”
以周和戴渊的声望，做尚书已经是最低标准，再低就没法安排了。王导还是沉默不语。
王敦明白了王导的意思，不再遮遮掩掩，便把话挑明：“如果连尚书都做不成，那唯有把他们杀了！”
此刻，王导回忆起先前周刺激自己的情景，心中暗想：那天你没救我，今天我也不必救你！他默默地背过身，到最后还是一句话都没说。