提起731部队，后世的中国人通过大量事实资料对它有了较深刻的认知，凡是思维正常的中国人无不咬牙切齿痛恨这支比恶魔还要凶残的鬼子部队，但在此时此刻却很少有人知道这样一支魔鬼部队的存在。
731部队是侵华日军关东军防疫给水部，对外称石井部队。位于哈尔滨市平房区。731部队是从事生物战细菌战研究和人体试验相关研究的秘密军事医疗部队的代称。
实际上731部队不算一支完整的部队，它的全称是关东军659部队，其设于哈尔滨平房区的本部称731部队。
这个细菌杀人工厂1939年建成，以“731”驻地为中心，东至后二道沟，南至韩家店，西至正黄旗三屯、正黄旗四屯，北至新五屯的方圆32平方公里的地方划为特别军事区域。为保密，规定“乙号地段内，禁止建筑二层以上的新房屋”，“民用航空飞机不得飞越这个地段”等一系列保密措施。
731部队分为8个部和4个支队：
第一部：在活体试验者身上研究淋巴腺鼠疫，霍乱，炭疽病，伤寒，肺结核。下属一个容纳300人左右人的监狱，部长菊地齐军医少将。
第二部：研究生物武器的在战场上的使用，特别是在传播细菌和寄生虫的设备的研究方面。部长太田澄大佐。下设一个分部，下属一个航空班和在鞠家窑的安达特别实验场
第三部：生产容纳生物战剂的炮弹，驻扎在哈尔滨。部长江口中佐，下设两个工厂，主要是陶瓷弹壳制造厂，用于生产“石井式”陶瓷细菌弹。还有一个运输班。
第四部：生产各种生物战剂，部长川岛清少将。下设4课进行各证细菌的生产。
第五部：训练教育部，部长园田太郎大佐，后由西俊英军医中佐接任。负责培训从事细菌武器，细菌战的人才。
第六部：装备部，部长大谷少将。 负责器材，设备的供应。
第七部：诊疗部，部长永山大佐。负责细菌感染的预防和日本人的医疗。
第八部：总务部，部长中留金藏中佐，后由太田澄军医大佐兼任。负责整个部队的财务管理、生产计划、人事分配。
162部队（林口支队）：设于林口县，支队长西俊英军医中佐，后由榊原秀夫军医少佐接任。
643部队（海林支队）：设于海林镇，支队长尾上正男军医少佐。
673部队（孙吴支队）：设于黑河市孙吴县，支队长西俊英军医中佐。
543部队（海拉尔支队）：设于海拉尔市，支队长加藤恒则军医少佐。
319部队（大连细菌研究所）：设于大连市，1939年划归731部队
在细菌研究、生产和试验的中心区域，设立了两道防线：第一道防线是高达三米的高墙，高墙上架设高压电网，墙外设置防护壕。在围墙四周设立东、南、西、北卫兵所。南门只允许731部队本部人员出入使用。沿着围墙有日本军人巡逻，在动力班大烟囱、给水塔和“方型楼”的南北制高点设立瞭望监视哨。第二道防线，设在“方型楼”的四周，圈有土墙。这里是细菌研究、生产和试验的中心场所。在主楼两侧的空场上，设有两处秘密监狱，关押着被试验的人。
731部队1940年全面投产，工厂拥有雄厚的细菌生产设备。有孵育器4500具；有容量1吨的制造培养液的锅炉4个和容量2吨的制造培养液锅炉两个；有培养器1800具；营养液消毒器30具，有整温器5具，有培养液冷却室两个，这个细菌工厂每一个生产周期就可生产300亿具有中等繁殖能力的微生物。由于细菌产量大，只好用公分来计算细菌团的体积，或者用公斤计算细菌的重量了。据原731部队队员的测算，这个细菌工厂每月可生产鼠疫菌300公斤，或者生产炭疽菌500到700公斤，或者生产伤寒菌八九百公斤，或者生产霍乱菌1000公斤。
1941年6月22日以后，日军参谋总长要求加紧准备细菌战争，从此以后，731部队更加繁忙了，昼夜开动机器，使各种细菌产量累累增加。随着细菌产量的上升，本部和各支队培殖老鼠、跳蚤等媒介物的计划也随之加码。尽管这样，还感到媒介物不足，于是在本部和各支队附近，向中国老百姓摊派上缴黄鼠的任务。
“731”成细菌杀人魔窟
日本军国主义者开始在动物上进行细菌试验。后来，为了取得直接的效果，便惨无人道地把人作为细菌试验的材料了。关押在秘密监狱中的中国人、前苏联人、蒙古人、朝鲜人被称做“木头”，这个名词意味着可以被任意宰割。
专门从事鼠疫研究的“高桥班”军医，经常把在押的人员关在一间透明的隔离室里，往被试验人员身上注射鼠菌液，并通过观察孔观察“木头”的病变情形。数小时以后，这些被试验的人员淋巴腺红肿，面部和胸部变成紫黑色，皮肤呈现暗淡粉红色……
“吉村班”是专门研究冻伤的。他们把被试验的人押到严寒的露天广场，迫使在押人员把手、脚插进冷水桶里，然后抽出手、脚进行冷冻，一定时间后，试验人员用棒子敲打。被试验人的手、脚如果有知觉，还得继续冷冻。这是第一步，要求研究出在什么气温下、多长时间可以造成冻伤。待手、脚麻木后，便押进暖房里，开始进行第二步的五花八门的试验：有时迫使被试验的人分别把手、脚立即插进不同温度的水里，主要研究造成冻伤后在不同温度条件下的变化。第二步主要研究对冻伤的预防和治疗。有时在冻伤处涂治冻伤药膏，有时在冻伤处涂上带菌的药膏，有时不予治疗。这样冻伤后的变化就不同了，轻者造成残疾，重者久治不愈免不了死亡。
731部队的试验者们，还通过解剖活人进行病理研究；在女“犯人”身上进行梅毒试验；用动物血和人血交换注射的试验；把人头朝下吊起来的倒控试验；对人进行低压或真空的试验；把人胃切除，肠子和食道直接缝合的试验；把人胳膊锯下，左右肢交换接肢试验等等。
据细菌战犯川岛清在远东军事法庭上供认：“为了研究各种治疗方法，对已传染的人加以治疗，给他们饭吃，等身体恢复时，又让他们做另一种试验。无论如何，从来没有一个人活着走出这个杀人工厂。
1943年末，731部队把在押的10名中国人用飞机押送到安达特别试验场。把人绑在间距5米远的桩子上，用飞机投掷“石井式”细菌*。这些人被弹片炸伤后染上炭疽菌，不久全部死亡。1945年1月，又改用电流引爆细菌弹的办法，对绑在间距10米到20米的桩子上的中国人进行鼠疫菌传染试验，这些人受了几天的折磨而最终死去。
据川岛清供认：“1940年到1945年8月，通过这个工厂，因感染致命菌而死亡的至少有3000人。至于1940年以前死亡的人有多少，那我就不知道了。”
1945年7月下旬，前苏联反德国法西斯的战争取得决定性的胜利，731部队为消灭罪证，机密资料一连烧了半个月。
当时，731部队监狱里还押着四五百名中国人。为了灭迹，8月9日开启毒气，在押人员均中毒身亡。有的囚室在押人员提前冲出牢门，被日本机枪全部打死。尸体被浇上汽油焚烧，随后尸骨埋在已挖好的8个大坑里。解放后，发现了3处埋尸骨的大坑。据伟建机器厂建筑工人证实，1949年和1958年在建楼挖地基时，曾发现有成堆的人骨头，仅在一处挖出的人骨头就装满了3辆大汽车。
1945年8月10日，731部队对细菌工厂的建筑物进行爆破性的破坏。8月14日把细菌工厂炸毁，同时把染有鼠疫菌的老鼠全部放出。到了1946年秋，在义发源、后二道沟、东井子等村屯，引发了鼠疫的传染。
731部队临灭亡前还丧心病狂的进行了最后一次垂死挣扎，它的恶毒实在是不能用语言来描述。