八月十六的时候，朱平安已经抵达滁州、来安一线。凤阳总兵段喜年、镇守太监钱德富率领两千兵马追随朱平安南下。此时，已经恢复了唐王爵位的朱聿键已经离开了凤阳中都。
早前，邹静曾经送来消息，在获悉崇祯临终前恢复自己的爵位之后，朱聿键便向北叩拜，声泪俱下的叩谢皇恩浩荡。一直往来于中都、福建和登州，消息格外灵通的郑鸿逵和陈鼎也不失时机的前来恭贺，并劝朱聿键尽快赶赴福州就藩。
朱聿键和朱平安的关系大白于天下，郑氏在惊奇之余，想到的却是要尽快的迎接朱聿键入闽就藩，如此一来，也好将朱平安的父亲控制在手中，以便在和朱平安的较量中争取上风。
朱聿键也答应下来，但却表明，要前往南京迎候太子殿下，辅佐朱慈烺登基为帝，直至获得新一任大明皇帝的正式认可，他才会前往福建就藩。
因此，朱聿键一家人才在郑鸿逵、陈鼎的护送下先期赶往南京。
与此同时，左良玉大军也已经兵进太平府，太平府守军望风而降。左良玉倒是个知情识趣的人，攻占太平府之后，便停下脚步，派遣自己的儿子左梦庚前来朱平安军中拜谒太子，并阐明将听从太子朱慈烺的调遣，他一声令下，左部兵马便可长驱直入。
左良玉的投靠，让朱慈烺欣喜若狂，一天之内，又接到孙传庭的奏疏，同样是表明自己的忠心，这更是让朱慈烺陷入到一种癫狂状态之中。
如果不是李士淳、王品、姚明恭等人拦着，恐怕他便要大手一挥，便要令各路兵马攻击南京了。
如今，南京却是一片凄风惨雨，马士英、张慎言等人搬起石头砸了自己的脚，刘良佐、黄得功脚底抹油，溜之大吉。只撇下他们这些人和福王朱由崧，只能坐困愁城。万般无奈之下，为了保自己的小命，马士英等人只能辗转找到朱慈烺东宫属臣的关系，及时呈递上请罪的奏疏，言明自己等人是在不明真实情况下，才做出的拥立新君的决定。
本来，像是这样的事情，马士英等人和福王朱由崧是万万逃不过一死的，但是李士淳等人这些天却是忙的不亦乐乎，透过南京传递来的消息，收受不少的好处，也在朱慈烺面前为朱由崧和马士英开脱了不少。至少，暂时是压住了朱慈烺的怒火。
这一切都通过军情处的眼线，一点不漏的传到朱平安的耳朵里，朱平安则顺水推舟的将这些东西全部推给了杨廷麟，看着杨廷麟红白相间、愤怒至极的表情，朱平安的心中却是开心到了极点。
八月十八，朱平安大军先锋抵达观音门燕子矶，魏国公徐弘基、保国公朱国弼、灵璧侯汤国祚、定远侯邓文郁，及吏部尚书钱谦益、礼部尚书赵之龙、都御史唐世济，以及史可法、马士英、张慎言、高弘图、姜曰广等人和朱由崧都前来迎接。众人都是一身白衣，朱由崧和马士英更是一副悲戚的请罪模样，跪在队伍中，一颗心却砰砰乱跳。
朱慈烺角巾葛衣，在定王朱慈炯、王品、李士淳、姚明恭等人的簇拥下，意气风发的弃舟登岸，看着匍匐在脚下的近千人，一时间不觉有些眩晕的感觉。
但一眼看到人群中瑟瑟发抖的福王朱由崧，心中的怒气便是油然而生。
朱慈烺深吸一口气，向前走了几步，“南京诸臣工做的好事情啊！京师被贼寇围困，先帝颁下诏书，令江南各府入京驰援，诸位稳坐钓鱼台，不静如处子。反倒是这拥立新君之事，却是动若脱兔，本宫佩服之至啊！”
朱慈烺这番话一说，全场顿时鸦雀无声，原本还有些臣子高呼“请太子尽早继位”的口号，但一听到这话，顿时没了声息。
朱由崧更是直接瘫倒在地，醒悟过来，一个劲的以头杵地，大喊：“臣罪该万死，还请太子殿下念及宗亲血脉，饶臣一条残命！”
朱慈烺冷笑一声，有些稚嫩的脸上却忽然浮现出浓烈的憎恨之意。“不必说了！若非因为你是本宫的王叔，本宫早已命你自尽赎罪。也罢，南京宗人令何在？”
魏国公徐弘基颤颤巍巍的回答道：“臣徐弘基在！”
“福王朱由崧僭越自专，今削去封爵，交由宗人府看管，不得接触一应外官，其子孙亲眷也由宗人府一并看管。”
朱由崧眼白一翻，顿时晕了过去。
朱慈烺又看看马士英等人，“参与拥立一事之官员，削去官职，交由锦衣卫查勘！”
史可法听到朱慈烺的话，跪在地上，冲着朱慈烺深施一礼，随即挺直了腰板，闭上眼睛，不发一言。
朱慈烺深深的看了史可法一眼，“史卿身为南京兵部，无法控制大局，致有福藩之乱，着免去兵部尚书一职，到庐凤督师去吧！”
史可法却是一愣，眼角的泪水情不自禁的滴落下来。
马士英等人却是乱作一团，随行的南京锦衣卫堂上官立刻扑了上来，现场一片嘈杂，一些人在被拖走的同时，竟然直接冲着李士淳等人喊道：“李大人，你可不能丢下咱们不管……！”
李士淳的一张脸顿时阴沉下来，好在朱慈烺并没有在意这些人的叫喊，而是直接走向了迎接自己的车驾，等他一登车，四下里立刻鼓乐喧天，好不热闹，夹杂着罪官们的哭号，好端端的一场迎接大典，竟然让人有一种哭笑不得的感觉。
但朱慈烺刚一到南京，还没有登基为帝，便以太子的身份将朱由崧、马士英等人拿下问罪，却是出乎很多人的预料，也由此让众人都对这位即将登上大明皇帝的太子殿下产生了浓浓的敬畏之心。
懿安皇后张嫣一路山舟车劳顿，身子不适，目前还在山东济南府休养，因此这一次并未跟随太子南下。
就在太子朱慈烺进入南京之后两个时辰，孙传庭和左良玉的大军也抵达南京城外，左良玉病体沉重，是被人用给软榻抬进城来的。
孙传庭和左良玉旗帜鲜明的拥立太子朱慈烺登基，也让很多存了别样心思的人不得不偃旗息鼓。加上马士英等人被下狱，福王朱由崧被圈禁，更是让整个南京朝廷的风气为之一清。
孙传庭和左良玉的到来，也让朱慈烺踏实了不少，两人觐见之后，宫里便有消息传出来，说是两人已经分别被封为定北伯和宁南伯，只等朱慈烺登基之后便在昭告天下。
左良玉总督湖广兵事，而孙传庭则驻扎江左，屯田募兵，在史可法的辅助下经营南直隶以及庐凤两府。
孙传庭觐见之后，和左良玉在宫门处分手。此时，孙夫人和一众子女家眷已经在朱平安手下的护送之下，安全抵达南京，目前暂居在朱平安安排的，位于通济门内大中桥西边太平里的一处宅院内。这里是南京勋贵和朝臣宅邸的集中所在，距离皇宫和五府六部都很近，是南京城内难得的好位置。
前几日，孙传庭已经接到夫人的家书，得知家中一切安好，这才放了心。等到觐见事毕，这才急着向家中赶去。
但是，还没等上马扬鞭，却是被一人给拦住。
看清了来人是谁，孙传庭却是一惊，慌忙上前见礼，“二何先生，你缘何在此处？”
八月的南京，天气还是闷热异常，李士淳看来也是刚刚从行宫中出来，手中还摇着一把折扇，笑意融融的走过来，“伯雅贤弟，当日自京师一别，转眼已经是三载时光。潼关一战之后，世人多谣传你已为国殉难，愚兄也是扼腕痛惜啊！”
说起这些，孙传庭不禁有些羞愧，“当日，小弟也是身受重伤，幸得部下舍身相救，这才冲出重围，之后便一直隐伏山间，以至于未能及时入京勤王，此是小弟一生之憾！”
两人叙了一些旧日的往事，李士淳却是显得有些神秘起来，看看四下里无人，将孙传庭拉到一僻静之处。
“你我兄弟是刎颈之交，客套话自不必说了，如今眼前有一桩大事，愚兄特来相告，还请贤弟早作准备！”
李士淳肃然的模样，让孙传庭也紧张起来。“兄长但讲无妨！”
“数日之后，太子便将登基继位，但先帝和皇后娘娘在日，却是未能确定太子的婚约，这样一来，便显得有些不合时宜。如今太子登位在即，愚兄知道贤弟膝下有一女，乃是国色天香，更难得的是品行端正，素有贤名。于是，便大胆向太子殿下举荐，看太子的意思，也是认可了这件事情。就是不知道，贤弟你的意思如何？”
孙传庭却是大吃一惊。“兄长为何如此说，大明祖制，储君婚约，都是挑选……！”
李士淳很干脆的打断了孙传庭的话，“当下是什么时节？一切总要顺势而为，贤弟是个聪明人，太子答应迎娶贵府千金，这背后的含义究竟为何，你难道不清楚吗？
孙传庭一时愕然。
八月十九，朱慈烺率领百官孝陵和懿文太子陵，随后经朝阳门入东华门，谒奉先殿，出西华门，以南京内守备府为行宫。八月二十，百官赴行宫谒见劝进，太子以先帝灵寝未得安息之事推辞，之后，群臣再三劝进，朱慈烺这才答应登位。
八月二十五，朱慈烺自大明门入南京皇城，至武英殿行监国礼，八月十八，朱慈烺在武英殿正式继位为君，确定年号为“义兴”，同时昭告天下，将迎娶孙传庭之女孙若瑄，立为大明皇后，言明大赦天下，普天同庆。