登州的局势迅速安定下来。四卫兵变本就是冒险之举，各卫的军户士卒原本就没有什么主见，主要是朝廷拖欠粮饷多时，军心本就涣散，被四卫军官一鼓动，这才准备铤而走险。
但还未来得及发动，四卫军官已然是被杀了大半，指挥使、指挥同知、指挥佥事更是一个也没活下来，踌躇之间，登州都司的兵马已经兵临城下，虽然人数不多，但盔甲兵仗却是谁也没有见过的精良，更是运来大批的粮草军饷，听其将领言道，新到任的副总兵大人就要整顿军务，分发土地给一众军户，士卒们本就是为了一口饱饭，一笔饷银养家糊口的，此时自然是万分愿意。
登州四卫，原本应有兵马两万余人，但上报都司衙门和兵部的军册早已是和实际人数相差的太远。经过了数天的清点，四卫的实际兵力加起来还不到九千人，刨去老弱病残，只剩下五千人。但其背后的家眷却达万人，情势不容乐观。
从中都带来的资财，朱平安已经拿出一部分作为安抚登州兵马之用，接下来，便要将原本被一众军官侵占的大量土地发还给军户，山东这两年也是接连大旱，今夏更是滴雨未下，眼见着收成还是无法保证，少不得又要朱平安花费银子购买粮食以敷使用。但这样的确不是长久之计，便是有座金山也迟早会被掏空的。
湖广的战事依旧不温不火，张献忠利用地利与官军周旋，杨嗣昌统领十万大军四面围堵，虽然打赢了几次打仗，却是始终未能伤及张献忠、罗汝才的主力分毫。
北直隶、河南、山陕也是大旱，杨嗣昌十万官军的人吃马喂主要依靠漕粮和这些地域的供给，但物资运输却是越发的艰难。情急之下，杨嗣昌做出了一记昏招，上疏朝廷，要求再次增加加捐助饷。奏章传到内阁，周延儒不动声色的将皮球踢给了崇祯皇帝和司礼监。眼看着满清又在关外蠢蠢欲动，意图攻击宁远、锦州一线。崇祯皇帝只好咬着牙答应了杨嗣昌的请求，一时间，民怨沸腾，京畿、河南、山陕一片动荡。
孙传庭倒是接纳了朱平安的意见，没有再坚持入京面圣，而是将家眷一股脑的送进了京城，自己则带着百余名亲随到了陕西，积极联络当地豪强，开始编连民军团练，声势不大，却做得有声有色，凭着朝廷勉强挤出来的二十万两银子，愣是组建了一支万人的兵马，以战代练，开始四处征剿小股的流寇。听朱平安的建议，李自成有很大可能已经秘密潜回山陕，孙传庭也开始派兵私下寻找，但因为兵力太少，因此一时还没有得到什么有价值的消息。
相比之下，山东的局面还算稳定。为将士请功的奏折以及弹劾登州四卫一众军官贪赃枉法、掀起士卒哗变的表章，特跟随着锦衣卫押解林德远的人马送入了京师。但朱平安不会等待京师的消息，直接便命令岳锦峰、仇泽、李定国带领精心挑选的一干手下前去上任，趁热打铁，将四卫的局势稳定下来。接下来便是编连士卒、重组新军，老弱病残一律纳入辅兵行列。
包括都司衙门也开始大刀阔斧的整饬，蓬莱城防需要加固，尤其是添置火炮，打造火铳，更是要提到议事日程上来。其二便是三个新部门的设立。如今大明朝廷还是天下的正统，朱平安也没有傻到要改变军制、衙门内部的结构的地步，那样纯粹是再找麻烦，等于是将口实送到了御史言官的手中。新增设的三个机构只能是先作为临时部门来设立，但其权限，不可谓不大。
第一便是督查室。朱平安考虑的很周全，现在还是大明，还用后世的那一套来实现对整个衙门的监督绝对是不适合的。所以，也只能以后世的经验来逐步适应大明的国情，一步一步来摸索着前进。督查室便是其中最重要的一个部门。
朱平安的手下，虽然目前来说还处于一种相对清廉、纯洁的状态，但毕竟处于整个大明社会中，难保不会受到什么不良习气的沾染，这便需要有一个机构来对其进行监督控制，于是督查室应运而生。
督查室不隶属于任何部门，也只对朱平安一人负责。人员有督查室主任挑选，然后报朱平安批准，然后才可招募进入该部门。朱平安的设想是，未来督查室将作为一个对内的情报部门存在，而监督检查的职责将交转移给真正的纪律监察部门，实现权力的相互制衡。但现在还不到时机，只能作为一个雏形来逐步发展。
督查室的第一任主官，朱平安任命了郭追来担任。从严格意义上来说，郭追不属于朱平安麾下的中都系统人马，倒是和李定国一样都属于新加入的派系，虽然和王承恩有着紧密的联系，但事实已经表明，王承恩和朱平安本身也是一而二、二而一的关系，所以，作为一个刚刚加入的外来者，郭追倒是很适合做这项工作。
第二个部门便是研究所。主官是孙和鼎。何长水、以及王承恩特意找来的几名曾跟随毕懋康研究燧发枪的工匠，以及中都时便跟随主朱平安的匠户将成为这个部门的核心成员。等到研究所不如正轨之后，朱平安还打算将何长水从研究所中抽调出来，成立军械制作局，将科研和制造分为两个独立的部门。而马夫王之所以没有进入研究所，则是因为朱平安认为，他医学上的造诣远远高于他在研究某些歪门邪道方面的水平。朱平安打算在实际合适的时候，成立军队的战地医疗部门，马夫王将是最合适的人选。
之后，研究所还将补充进入一批精兵强将。包括，孙和鼎的两个弟弟，孙和斗、孙和京。还有朱平安很感兴趣的两个人，一个是王徵，还有一个是张涛，两人都是孙元化主政登莱时期的研制铸造新式火器的骨干人物。
其中王徵已经年逾六旬，身体情况不佳，虽然婉拒了孙和鼎和朱平安的邀请，但却推荐了自己的两个学生前来登州。而《西洋火攻图说》的作者张涛则在广东一带游历，孙和鼎专门请自己的弟弟孙和京赶赴广东寻找，相信不久之后便会有消息传来。
而第三个，则是货真价实的情报部门。斩决决定很大意义上是被情报工作所左右的。朱平安从后世的经验来看，成王败寇除了天时地利人和的因素，最关键的原因便是消息的掌控程度。大战未始，情报先行，这是毫无疑问的。
军情处应运而生。第一任主官，自然是阴世纲。情报网络是现成的，只要将朱平安原本建立起来的情报网络雏形与沈名先掌握的机构合二为一，便可以组建起一套完整的覆盖于整个山东的情报网络。接下来要做的，便是要按照朱平安所编撰的关于情报工作的指导意见和工作纪律等一系列教材对情报工作进行改良完善。其中包括、联络、暗语、刺杀、人员的招募、情报的传递，力争在一年之内，实现整个情报系统的专业化、科学化和细致化。
阴世纲、孙和鼎、郭追三名新鲜出炉的登州都司衙门新贵一时间成为众人瞩目的焦点，虽然所在的部门还属于临时性机构，但这却预示着三人将成为朱平安身边的核心决策层成员。
对于三人的官位，朱平安是煞费苦心，三人都有朝廷颁布的官身，但在内部如何称呼却是一个令人头痛的问题。最终，朱平安还是决定统一起来，一致称呼为“主任”。
督查室主任郭追、研究所主任孙和鼎、军情处主任阴世纲。
“主任？”众人面面相觑，不知道这究竟是个什么称呼，阴世纲带着疑惑问道：“敢问大人，这‘主任’一名却是什么含义呢？”
一句话就难住了朱平安，想了好久，只好搪塞着回答道：“主任，便是主要任事之人，这才称为‘主任’！”
众人恍然大悟，都觉得这个称呼新鲜无比，却又言简意赅，“主要任事者”这是多大的肯定啊，一时间登州府体系内，都以能被称呼为主任而骄傲不已。阴世纲、郭追、孙和鼎更是被称为“登州三主任”。
产生这些影响，朱平安显然是没有想到的。他的设想还有很多，除了计划中的战地医疗系统之外，还有参谋制度。冷兵器时代，战争的胜利仰仗的都是主帅一人的智慧和应变，这无疑是担负着巨大的风险的，一旦主帅出现错误或者出现意外，整支军队豆浆陷入被动状态。而参谋制度便是将众人的智慧集中起来，决策权虽然还在主帅手中，但却可以从参谋制度上开始，使主帅不得不听取更多的意见，做出更为正确的决定。
当然，参谋的培养还是需要一个平台的。朱平安已经私下里和杨廷麟商议过一次，争取到他的支持，打算在卫所的卫学中增设一个武职班，将家贫的军户字第招募进来，统一教授武学和军事知识，培养出合格的基层军官，通过层层锻炼和选拔，进入到各卫所指挥系统中。