在中华帝国的使臣前往日本的时候，帝国的军队这个时候已经在加紧进行丛林战训练，台湾地区的热带雨林分布的也比较广泛，士兵们在换装了新式步枪之后就会被分为班排为单位进行对抗演练，演练的地点主要在台东和台南的热带丛林之中。
这个时候主要是先进行小规模的对抗演练，然后在进行营级规模的对抗，最后会进行各个团之间的大比拼，因为目前在棉兰老岛的土著人的装备比较落后，因此帝国军队的这种对抗水平并不是真正的战争之中的时机对抗水平，因此项玉将军队调到台南之后，让邓明给当地的高山族的族长们写了一封信，邀请他们来当中华帝国军队的丛林战的对手。
高山族在荷兰人被驱赶走了之后，岛上变成了汉人的天下，加上之前冯信建立梁国的时候曾经发动军队进山大举围剿，打死打伤高山族人不计其数，他们因此举家迁往更加深处的密林之中，后来在明军收复了台南之后，新政权并不像之前那样排斥和打击他们，因此他们又陆续返回了原来的居住点。
本着安定稳固的长远着想，邓明允许高山族人参军入伍，而且还派人进山向他们传授先进的耕种技术和优质的种子，高山族人进山躲避的时间很长，食盐和其他必须的生活物资都是十分的稀缺，因此既然明军这边表现出了善意，他们也就借梯下坡将族中的一批优秀的战士送到城中去参军，并且也不再仇视和对抗汉人了，邓明又在项玉的授意之下，在高山族中展开文化教育和普及，通过文字和传承来消除两族之间的矛盾，时间一久，高山族势必就会丢掉自己没有文字传承的文化，完全汉化成为汉人的一员。
高山族的这些战士过来之后，他们都是丛林和山地战的好手，这个时候正好是帝国军队的最好陪练，项玉本着要最大限度的锻炼士兵，以减少士兵们在战场上的伤亡，所以在正式的出兵之前，要求每一名士兵都必须通过丛林作战的要求，不过在后来回过头来看，项玉的这一步显然是要求过苛刻了，菲律宾的那些个土著猴子实在是不经打。
军队的大规模的训练一直持续了两个多月，知道1663年的3月份才正式结束，这个时候中华帝国已经完全做好了战争的准备工作了。
经过五个月的抢工，军工厂的工人们加班加点，终于在战争来临之前生产出来了一万两千条中华式步枪，这种枪就是之前研究院进行试验的那种步枪，在定产之后被名中华一式步枪，枪身长度一点一米，重3.9公斤，口径7.62毫米，弹仓的容量是五发，使用的是弹一式子弹，作为中华帝国建国以后的第一种制式后膛步枪，中华一式的有效射程为400米，子弹在450米的距离上面仍然具备一定的杀伤力。
士兵们在中华一式步枪列装之前就进行过相关的培训工作，只不过这个时候在枪械全部下发之后，士兵们又要进行一定的熟悉和适应的工作，至于军队换下来的燧发枪，帝国军队将它封藏一部分，剩下的就全部交给基隆、台南、台东这三地的民兵们使用了。
中华帝国为了这一战已经准备了将近五个月的时间了，而且在这个时候，海军方面已经扩军到了六千多人的规模，拥有各种战舰接近一百八十余艘，其中有最近才装备部队的五艘铁甲舰，铁甲舰使用的是蒸汽动力和风帆动力混合推进，因此船身上面还有三根巨大的桅杆，可以悬挂巨大的船帆，在平时不需要作战的情况之下，铁甲舰使用风帆动力，以节省燃煤，当进入战斗状态之后，为了减少船体上的着弹面积，减少受打击面，和提高机动性能，则降下风帆使用蒸汽动力驱动，这样船速会得到极大的提高，使得战舰更容易接近和躲避敌舰以完成攻击和撤退。
为了提高载煤量，海军的这型铁甲舰的排水量比预期的要增大不少，标准排水量达到了三千五百吨，满载排水量超过了四千五百吨，舰船长123.5米，宽15.3米，吃水5.4米，船体采用长舰首加外飘的设计，长舰首可以提高航速和机动性，外飘的设计能够增加船体的稳定性和提高内部的空间，整个战舰内部的有效载荷超过了一千吨，其中储煤室可以储存六百吨的燃煤，足够战舰十天的续航，加上风帆在闲事提供的动力，因此整个战舰的续航力达到了两个月左右。
这型铁甲舰若是按照后世铁甲舰的范畴来说，只能算是一型驱逐舰，因此被名为台湾级驱逐舰，舰名照地名来命名，分别名为：基隆舰（首舰）、台南舰、台中舰、台东舰和安平舰（安平是由台湾城改名之后的军城）。
其中首舰基隆舰的排水量最大，达到了3760吨，因为设计之初安装的蒸汽机的功率比较大，因此船体显得比较长，后续的战舰都更换了蒸汽机，所以长度方面略有减少。
这五艘战舰尽管目前还有很多的问题，比如说船体比较小，燃煤携带量比较少，所以续航力比较差，加上船身上的火炮配备的还是前膛炮，所以不能建立铁甲舰的封闭炮塔，在战时甲板上的士兵会显得比较密集，一旦遭到敌方的火炮命中容易遭到巨大的人员伤亡。
但是相比于其他的木质战舰，这五艘铁甲舰可谓是皮厚耐揍，船大炮多火力惊人，考虑到风帆动力的局限性，因此这个时代的海军战舰的最大吨位也不超过一千八百吨，英王查理一世时，由造船大师彼得.佩特于1637年主持建造的“海上君王”号数据：排水量：1500吨。尺度：长70.7米（全长，包括舰艏斜桅），吃水：5－6米。航速：10节。武备：104门火炮。20门60磅炮，8门30磅炮，32门18磅炮，44门9磅炮舰员：约800。这种战舰就已经是超时代的跨入了战列舰的行列之中，只到多年之后才被西班牙人打破。
但是中华帝国的这五艘铁甲舰直接就跨入了三千吨以上的行列了，相对于这个时候的主流战舰来说，这种船简直就是巨无霸一样的存在，尽管在后来随着硬帆技术的进步，英国人造出了5000多吨的超大战舰，但是也只是一种皮薄馅大的饺子而已，在后来的铁甲舰面前简直就是不堪一击。
正是因为这五艘战舰带给了项玉极大的信心，即使是面对吕宋的西班牙的海军，中华帝国的海军也拥有碾压的实力来射他们一脸了，如果他们真的不知好歹的前来挑衅的话，短时间之内项玉还是不打算去招惹西班牙人和巴达维亚的荷兰人的，不是因为害怕他们的军事实力，而是中华帝国在占领了棉兰老岛之后要花时间来经营和建设，在这个时候显然不是节外生枝的好时间。
出征的时间定在了三月中下旬，中华帝国初步准备调派一团、三团、炮兵团和海军的大部分兵力前往出征，因为棉兰老岛距离台南并不是很远，所以这一次的军队先在台南集中之后，等待海军将所有的作战物资运抵台南之后在一起乘船出发，因为这个时候一团和三团已经在台南这一带进行丛林战的训练，所以集中起来也比较方便，至于炮兵团则跟随海军从基隆乘船出发，走东部的海域，避开台湾海峡，感到台南来集中。
这一战中华帝国的全部军队加起来差不多将近一万一千人，陆军差不多六千五百人，海军接近五千人，一共有两百五十六艘船支的巨大规模。
船队在三月十五号这一天启程出发，项玉作为三军主将，自然也要随军出发，他选中了基隆舰作为旗舰，自己也在基隆舰上面坐镇指挥，船队在海上航行了三天的时间之后终于遇到了一个小岛，这一带区域岛礁密布，不过像这样的比较成型的小岛倒是不多，项玉这个时候手上又没有经纬仪，无法测算自己的具体方位，船队在这个岛上稍稍停留了一天的时间，以补充必须的淡水，小岛不大，长款都只有几公里的样子，看起来面积不会超过五十平方公里，这么大的岛应该只有一个吧？难道就是后世的太平岛？项玉有些疑惑。
其实按照正常的航向，中华帝国的船队是不可能抵达太平岛的，因此这个地方被项玉称为了“太平岛”显然是不对的，这个地方是后世的巴布延群岛，属于菲律宾的领土范围，不过这个时候根本就还没有菲律宾这个国家呢，再加上项玉认定了这就是太平岛，于是派人在上面立下了一个巨大的石碑，用汉字刻上了巨大“太平岛”三个字，完事了之后又用汉语拼音刻了一遍，算是宣示了主权了，之后又刻下了同样的石碑之后在岛上找了一个地方埋了起来，算是留下了历史的证据了。这下子就算是后世子孙们不争气，将这些岛屿们都弄丢了，打官司起来还有证据嘛。
其实在船队抵达巴布延群岛之后，他们的路程已经抵达一般了，只不过在这里，项玉的坑爹的地理知识又坑了众人一把，项玉在原先的设想之中，是想先占据棉兰老岛在缓缓的图谋吕宋，他一直以为棉兰老岛是在菲律宾的北部，因此船队的目标也是这个方向，只是他们的目标根本就不是棉兰老岛，而正是西班牙人盘踞的吕宋。
一场中西之间的大战，因为项玉记错了菲律宾的岛屿地理位置而提前拉开！